Acanthothecis clavulifera (Vain.) Staiger & Kalb (Kukwa et al. 2013a)
Acanthothecis hololeucoides (Nyl.) Staiger & Kalb (Kukwa et al. 2013a) 
Acanthotrema brasilianum (Hale) Frisch (Flakus et al. 2016)
Acarospora altoandina H.Magn. (Knudsen et al. 2008)
Acarospora boliviana H.Magn. (Magnusson 1929; Weber 1968; Knudsen et al. 2008; Flakus et al. 2013) 
Acarospora brouardii B. de Lesd. (Flakus et al. 2013)
Acarospora chrysops (Tuck.) H. Magn. (Flakus et al. 2013)
Acarospora congregata K.Knudsen & Flakus (Nylander 1861 as A. xanthophana; Weber 1968 as A. xanthophana; Magnusson 1929 as A. xanthophana; Knudsen et al. 2008 as A. xanthophana; Flakus et al. 2013 as A. xanthophana; Knudsen & Flakus 2016)
Acarospora dissecta K.Knudsen & Flakus (Knudsen et al. 2012)
Acarospora fuscata (Nyl.) Th.Fr. (Nylander 1861; Feuerer et al. 1998)
Acarospora obnubila H.Magn. (Knudsen et al. 2008)
Acarospora obpallens (Nyl. ex Hasse) Zahlbr. (Knudsen et al. 2008; Flakus et al. 2013)
Acarospora ramosa K.Knudsen & Flakus (Knudsen & Flakus 2009; Flakus et al. 2014)
Acarospora rhabarbarina Hue (Magnusson 1929; Weber 1968; Knudsen et al. 2008; Flakus et al. 2013)
Acarospora rouxii K.Knudsen, Elix & Reeb (Knudsen 2007; Knudsen et al. 2008; Flakus et al. 2013) 
Acarospora strigata (Nyl.) Jatta (Flakus et al. 2013)
Acarospora trachyticola (Müll.Arg.) Hue (Knudsen et al. 2012; Flakus et al. 2013)
Acarospora xanthophana (Nyl.) Jatta (Nylander 1861 as A. ochrophana; Magnusson 1929 as A. rabarbarina; Weber 1968 as A. ochrophana and A. rabarbarina; Knudsen et al. 2008 as A. rabarbarina; Flakus et al. 2013 as A. rabarbarina; Knudsen & Flakus 2016)
Aderkomyces heterellus (Stirt.) Lücking, Sérus.& Vězda (Lücking 2008; Flakus 2013)
Alectoria ochroleuca (Hoffm.) A.Massal. (Nylander 1861; Herzog 1922; Hawksworth 1972; Menhofer 1992; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2012d, 2015, 2016) 
Alyxoria apomelaena (A.Massal.) Ertz (Ertz et al. 2015)
Amandinea brugierae (Vain.) Marbach (Feuerer & Sipman 2005)
Amandinea punctata (Hoffm.) Coppins & Scheid. (Nylander 1861)
Anaptychia esorediata (Vain.) DuRietz & Lynge (Lynge 1924)
Anisomeridium foliicola R.Sant. & Tibell (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013) 
Anisomeridium guttuliferum Lücking (Flakus 2013)
Anisomeridium prolongatum Lücking (Flakus 2013)
Anzia parasitica (Fée) Zahlbr. (Flakus et al. 2011b, 2013) 
Architrypethelium  penuriixanthum Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016)
Arthonia accolens Stirt. (Santesson 1952; Lücking 2008; Flakus 2013)
Arthonia aciniformis Stirt. (Flakus 2013)
Arthonia cyanea Müll.Arg. (Ferraro 2002; Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Arthonia leptosperma (Müll.Arg.) R.Sant. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Arthonia orbygniae (H. B. P. Upadhyay) Matzer (Flakus 2013)
Arthonia palmulacea (Müll. Arg.) R. Sant. (Flakus 2013)
Arthotheliopsis tricharioides (Kalb & Vězda) Lücking, Sérus. & Vězda (Flakus & Lücking 2008)
Arthrorhaphis alpina (Schaer.) R. Sant. (Flakus et al. 2013; Flakus & Kukwa 2014)
Aspicilia cinerea (L.) Körb. (Nylander 1861; Hue 1910)
Aspicilia contorta (Hoffm.) Körb. (Feuerer et al. 1998)
Aspidothelium cinerascens Vain. (Flakus & Wilk 2006; Flakus et al. 2013)
Aspidothelium fugiens (Müll.Arg.) R.Sant. (Flakus et al. 2012d; Flakus 2013; Flakus et al. 2013)
Aspidothelium geminiparum (Malme) R.Sant. (Flakus & Lücking 2008)
Aspidothelium lueckingii Flakus (Flakus 2009)
Aspidothelium ornatum Lücking (Flakus & Lücking 2008)
Aspidothelium scutellicarpum Lücking (Flakus & Lücking 2008)
Aspidothelium trichothelioides Sérus. & Vězda (Ferraro 2002)
Asterothyrium microsporum R.Sant. (Flakus & Lücking 2008)
Asterothyrium monosporum Müll.Arg. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Asterothyrium rondoniense Bat. & H.Maia ex Henssen & Lücking (Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Asterothyrium rotuliforme (Müll.Arg.) Sérus. (Ferraro 2002)
Asterothyrium uniseptatum Lücking (Flakus & Lücking 2008)
Asterothyrium vezdae Flakus & Lücking (Flakus & Lücking 2008)
Astrothelium aeneum (Eschw.) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2012 as T. aeneum, 2013 as T. aeneum, 2016) 
Astrothelium aeneum (Eschw.) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2012d, 2013, 2016) 
Astrothelium amazonum (R. C. Harris) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium amylosporum Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium annulare (Mont.) Aptroot & Lücking (Nylander 1859 as T. anullare; Flakus et al. 2016) 
Astrothelium bicolor (Taylor) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium bullatum Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium carrascoense Flakus, Kukwa & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium cartilagineum (Fée) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016)
Astrothelium cinnamomeum (Eschw.) Müll. Arg. (Flakus et al. 2013, 2016) 
Astrothelium effusum (Aptroot & Sipman) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium elixii Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium erubescens (Kunze) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium eustomum (Mont.) Müll. Arg. (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium infossum (Nyl.) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium inspersaeneum Aptroot & M. Cáceres (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium inspersotuberculosum Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium macrocarpum (Fée) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2012d, 2016) 
Astrothelium megaeneum Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium megaspermum (Mont.) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium neodiplocarpum Flakus, Kukwa & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium nigrocacuminum Flakus, Kukwa & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium octosporoides Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium olivaceofuscum (Zenker) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium pallidoflavum Flakus, Kukwa & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium papulosum (Nyl.) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium phlyctaena (Fée) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium pyrenuliforme Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium scoria (Fée) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium scorioides Nyl. (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium sepultum Mont. (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium stromatofluorescens Aptroot & M. Cáceres (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium variabile Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium variolosum (Ach.) Müll. Arg. (Flakus et al. 2016) 
Astrothelium versicolor Müll. Arg. (Flakus et al. 2016)
Athallia holocarpa (Hoffm.) Arup, Frödén & Søchting (Nylander 1861; Feuerer et al. 1998)
Aulaxina microphana (Vain.) R.Sant. (Ferraro 2002; Lücking 2008; Flakus 2013)
Aulaxina minuta R. Sant. (Flakus 2013)
Aulaxina quadrangula (Stirt.) R.Sant. (Santesson 1952; Ferraro 2002; Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008)
Aulaxina submuralis Kalb & Vězda (Flakus 2013) 
Bacidia rosella (Pers.) DeNot. (Nylander 1859)
Bacidia rubella (Hoffm.) A.Massal. (Nylander 1859)
Bacidina apiahica (Müll.Arg.) Vězda (Ferraro 2002; Flakus 2013)
Bacidina hypophylla Lücking & Kalb (Flakus 2013)
Bacidina neotropica Lücking (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Bacidina pallidocarnea (Müll.Arg.) Vězda (Ferraro 2002; Lücking 2008; Flakus 2013)
Bacidina pseudohyphophorifera (Lücking & Sérus.) Lücking (Flakus 2013)
Bacidiopsora microphyllina Kalb (Flakus et al. 2013)
Bacidiopsora orizabana (Vain.) Kalb (Flakus et al. 2013)
Baculifera cinereocincta (Müll.Arg.) Marbach (Malme 1927)
Baeomyces rufus (Huds.) Rebent. (Flakus et al. 2012d; Flakus et al. 2013; Flakus & Kukwa 2014)
Bapalmuia costaricensis Lücking & Kalb (Flakus 2013)
Bapalmuia lineata Lücking & Kalb (Flakus 2013)
Bapalmuia nigrescens (Müll. Arg.) M. Cáceres & Lücking (Flakus 2013)
Bapalmuia palmularis (Müll. Arg.) Sérus. (Flakus 2013)
Bathelium boliviense Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Bathelium flavostiolatum Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Bathelium inspersomastoideum Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Bathelium madreporiforme (Eschw.) Trevis. (Flakus et al. 2013, 2016) 
Bathelium mastoideum Afzel. ex Ach. (Flakus et al. 2013, 2016) 
Bathelium mirabile Flakus, Kukwa & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Bathelium pruinosum Flakus, Kukwa & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Bogoriella alata (Groenh. ex Aptroot) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Bogoriella apposita (Nyl.) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Bogoriella miculiformis (Nyl. ex Müll. Arg.) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Bogoriella modesta (Müll. Arg.) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Bogoriella nonensis (Stirt.) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Bogoriella punctata (Aptroot ) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Bogoriella subfallens (Müll. Arg.) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016)
Botryolepraria neotropica Kukwa & Pérez-Ortega (Kukwa & Pérez-Ortega 2010; Flakus et al. 2011b)
Brigantiaea leucoxantha (Spreng.) R.Sant. & Hafellner (Feuerer 2010; Flakus et al. 2013)
Bryonora curvescens (Mudd) Poelt (Flakus et al. 2013)
Buellia aethalea (Ach.) Th.Fr. (Feuerer et al. 1998)
Buellia excellens H.Magn. (Feuerer & Sipman 2005)
Buellia mexicana J.Steiner (Feuerer & Sipman 2005; Flakus et al. 2013)
Buellia stellulata (Taylor) Mudd (Nylander 1861)
Buellia triphragmia (Nyl.) Arnold (Nylander 1859) 
Bulbothrix apophysata (Hale & Kurok.) Hale (Flakus et al. 2012d) 
Bulbothrix chowoensis (Hale) Hale (Flakus et al. 2014)
Bulbothrix coronata (Fée) Hale (Flakus et al. 2011b; Flakus et al. 2016) 
Bulbothrix goebelii (Zenker) Hale (Flakus et al. 2011b) 
Bulbothrix laevigatula (Nyl.) Hale (Flakus et al. 2016) 
Bulbothrix leprieurii Aubel (Flakus et al. 2016)
Bulbothrix suffixa (Stirt.) Hale (Flakus et al. 2013) 
Bulbothrix thomasiana Benatti & Marcelli (Flakus et al. 2015)
Bunodophoron macrocarpum (Ohlsson) Wedin (Flakus et al. 2013)
Bunodophoron melanocarpum (Sw.) Wedin (Flakus & Wilk 2006)
Byssolecania deplanata (Müll.Arg.) R.Sant. (Ferraro 2002; Lücking 2008)
Byssolecania fumosonigricans (Müll.Arg.) R.Sant. (Santesson 1952; Flakus 2013)
Byssolecania hymenocarpa (Vain.) Kalb, Vězda & Lücking (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Byssolecania pluriseptata Breuss (Flakus 2013)
Byssolecania variabilis Vězda, Kalb & Lücking (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Byssoloma chlorinum (Vain.) Zahlbr. (Ferraro 2002; Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus et al. 2013)
Byssoloma absconditum Farkas & Vězda (Flakus 2013)
Byssoloma amazonicum Kalb & Vězda (Flakus 2013)
Byssoloma chlorinum (Vain.) Zahlbr. (Flakus 2013)
Byssoloma citricola (Maubl.) Lücking, Sérus. & R. Sant. (Flakus 2013)
Byssoloma discordans (Vain.) Zahlbr. (Lücking 2008)
Byssoloma fadenii Vězda (Ferraro 2002; Lücking 2008) 
Byssoloma humboldtianum Lücking & Kalb (Flakus 2013)
Byssoloma leucoblepharum (Nyl.) Vain. (Santesson 1952; Ferraro 2002; Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Byssoloma minutissimum Kalb & Vězda (Flakus 2013)
Byssoloma subdiscordans (Nyl.) P.James (Ferraro 2002; Lücking 2008) 
Byssoloma tricholomum (Mont.) Zahlbr. (Flakus 2013) 
Calenia aspidota (Vain.) Vězda (Flakus & Lücking 2008)
Calenia lobulata Lücking (Lücking 2008)
Calenia phyllogena (Müll.Arg.) R.Sant. (Lücking 2008; Flakus 2013)
Calenia thelotremella Vain. (Flakus 2013)
Calenia triseptata Zahlbr. (Flakus 2013)
Caleniopsis aggregata (R. Sant.) Lücking, Sérus. & Vězda (Flakus 2013)
Caleniopsis conspersa (Stirt.) Lücking, Sérus. & Vězda (Flakus 2013)
Caleniopsis laevigata (Müll. Arg.) Vězda & Poelt (Flakus 2013)
Calicium hyperelloides Nyl. (Feuerer 2010; Flakus et al. 2013)
Calicium leucochlorum Tuck. (Flakus et al. 2013)
Calicium salicinum Pers. (Flakus 2008; Flakus et al. 2013)
Calopadia foliicola (Fée) Vězda (Ferraro 2002; Flakus 2013)
Calopadia fusca (Müll.Arg.) Vězda (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Calopadia perpallida (Nyl.) Vězda (Santesson 1952; Lücking 2008; Flakus 2013)
Calopadia phyllogena (Müll.Arg.) Vězda (Ferraro 2002)
Calopadia puiggarii (Müll.Arg.) Vězda (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Caloplaca brebissonii (Fée) J.Sant. ex Hafellner & Poelt (Nylander 1861; Hafellner & Poelt 1979; Feuerer et al. 1998)
Caloplaca cerina (Ehrh. ex Hedw.) Th.Fr. (Feuerer et al. 1998)
Caloplaca crocea (Kremp.) Hafellner & Poelt (Hafellner & Poelt 1979)
Caloplaca pollinii (A.Massal.) Jatta (Nylander 1860)
Caloplaca quadrilocularis (Nyl.) Zahlbr. (Nylander 1859; Hafellner & Poelt 1979)
Caloplaca xanthaspis (Kremp.) H.Magn. (Malme 1926)
Candelaria concolor (Dickson) B.Stein (Feuerer et al. 1998; Canseco et al. 2006; Flakus et al. 2013)
Candelaria fibrosa (Fr.) Müll.Arg. (Poelt 1974; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2015)
Candelariella aurella (Hoffm.) Zahlbr. (Feuerer et al. 1998)
Candelariella reflexa (Nyl.) Lettau (Canseco et al. 2006)
Candelariella vitellina (Ehrh.) Müll.Arg. (Nylander 1861; Hasse 1916; Feuerer et al. 1998)
Canoparmelia amazonica (Nyl.) Elix & Hale (Hale 1976; Flakus et al. 2011b, 2013, 2016) 
Canoparmelia caroliniana (Nyl.) Elix & Hale (Flakus et al. 2012d, 2013, 2016) 
Canoparmelia salacinifera (Hale) Hale (Flakus et al. 2016)
Canoparmelia texana (Tuck.) Elix & Hale (Flakus et al. 2011b)
Caprettia confusa Lücking & Sipman (Flakus 2013)
Carbacanthographis stictica Staiger & Kalb (Kukwa et al. 2013a)
Carbacanthographis violaceospora Kukwa & Flakus (Kukwa et al. 2013a)
Carbonea montevidensis (Müll.Arg.) Rambold & Knoph (Diederich & Etayo 2000) 
Catapyrenium daedaleum (Kremp.) Stein (Flakus et al. 2013)
Catapyrenium exaratum Breuss (Feuerer 2010) 
Catolechia wahlenbergii (Flot. ex Ach.) Körb. (Flakus et al. 2016)
Cetraria aculeata (Schreb.) Fr. (Fernández-Mendoza & Printzen 2013; Flakus et al. 2016)
Cetraria ericetorum Opiz (Bjerke & Elvebakk 2004; Flakus et al. 2012d)
Cetraria islandica (L.) Ach. (Menhofer 1992) 
Cetrelia olivetorum (Nyl.) W.L.Culb. & C.F.Culb. (Flakus et al. 2011b)
Chaenotheca chlorella (Ach.) Müll. Arg. (Flakus et al. 2013) 
Chaenotheca confusa Tibell (Flakus et al. 2014, 2016)
Chaenotheca sphaerocephala Nádv. (Flakus et al. 2013) 
Chapsa alborosella (Nyl.) Frisch (Flakus et al. 2016)
Chiodecton sphaerale Ach. (Thor 1990; Ertz et al. 2015)
Chroodiscus australiensis Vězda & Lumbsch (Flakus 2013)
Chroodiscus coccineus (Leight.) Müll.Arg. (Santesson 1952; Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008)
Chroodiscus submuralis Lücking (Flakus 2013)
Chrysothrix xanthina (Vain.) Kalb (Flakus et al. 2006; Flakus 2008)
Cladia aggregata (Sw.) Nyl. (Nylander 1861; Feuerer et al. 1998; Ahti 2000; Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008; Flakus et al. 2012d, 2015)
Cladonia aleuropoda Vain. (Flakus 2008; Flakus et al. 2012d, 2014)
Cladonia andesita Vain. (Flakus et al. 2013)
Cladonia arbuscula subsp. boliviana (Ahti) Ahti & DePriest (Nylander 1861; Feuerer et al. 1998; Ahti 2000; Flakus et al. 2012d)
Cladonia arcuata Ahti (Ahti 2000; Flakus et al. 2008, 2012d)
Cladonia bangii Ahti (Ahti 1986; Huovinen & Ahti 1986; Ahti 2000)
Cladonia borbonica Nyl. (Flakus 2008; Flakus et al. 2008, 2012b)
Cladonia caespiticia (Pers.) Flörke (Flakus et al. 2012d)
Cladonia calycantha Delise ex Nyl. (Nylander 1861; Herzog 1922; Ahti & Marcelli 1995; Feuerer et al. 1998; Ahti 2000; Flakus et al. 2008, 2012d)
Cladonia ceratophylla (Sw.) Spreng. (Nylander 1859, 1860; Rusby 1895; Ahti 2000; Flakus 2008; Flakus et al. 2008, 2012d, 2014)
Cladonia chlorophaea (Flörke ex Sommerf.) Spreng. (Feuerer et al. 1998; Ahti 2000; Flakus 2008; Flakus et al. 2008, 2012d)
Cladonia chondrotypa Vain. (Ahti 2000)
Cladonia coccifera (L.) Willd. (Flakus et al. 2008, 2012d) 
Cladonia compressa Ahti & Flakus (Ahti et al. 2016)
Cladonia confragosa S.Stenroos (Ahti 2000; Flakus et al. 2008)
Cladonia confusa R.Sant. f. confusa (Feuerer et al. 1998; Ahti 2000; Flakus 2008; Flakus et al. 2008, 2012d, 2014, 2016)
Cladonia confusa f. bicolor (Müll.Arg.) Ahti & DePriest (Feuerer et al. 1998; Ahti 2000; Flakus et al. 2008, 2012d)
Cladonia corallifera (Kunze) Nyl. (Nylander 1861; Stenroos 1989b; Ahti 2000)
Cladonia corniculata Ahti & Kashiw. (Ahti 2000; Flakus et al. 2008, 2012d, 2014)
Cladonia corymbites Nyl. (Flakus et al. 2013)
Cladonia corymbosula Nyl. (Flakus et al. 2012d)
Cladonia crispata (Ach.) Flot. (Flakus et al. 2012d, 2013)
Cladonia dactylota Tuck. (Flakus 2008; Flakus et al. 2008, 2012d, 2014, 2016)
Cladonia didyma (Fée) Vain. (Feuerer et al. 1998; Ahti 2000; Flakus 2008; Flakus et al. 2008, 2012d, 2015) 
Cladonia farinophylla Ahti (Flakus et al. 2012d, 2013)
Cladonia fimbriata (L.) Fr. (Nylander 1859, 1861; Rusby 1896)
Cladonia furcata (Huds.) Schrad. (Ahti 2000; Flakus et al. 2012d, 2013)
Cladonia granulosa (Vain.) Ahti (Flakus et al. 2008; Flakus et al. 2012d)
Cladonia isabellina Vain. (Flakus et al. 2012d)
Cladonia kriegeri (Ahti & S.Stenroos) Ahti & DePriest (Flakus et al. 2008)
Cladonia lepidophora Ahti & Kashiw. (Flakus 2008; Flakus et al. 2012d)
Cladonia leprocephala Ahti & S. Stenroos (Flakus et al. 2012d)
Cladonia lopezii S.Stenroos (Stenroos 1989a; Ahti 2000)
Cladonia macilenta Hoffm. (Flakus et al. 2012d, 2013)
Cladonia macilentoides Ahti & Fleig (Flakus 2008; Flakus et al. 2012d)
Cladonia melanopoda Ahti (Ahti 1997; Feuerer et al. 1998; Ahti 2000; Flakus et al. 2008, 2012d, 2016)
Cladonia meridensis Ahti & S.Stenroos (Ahti & Stenroos 1986; Stenroos 1989b; Ahti 2000; Flakus et al. 2012d, 2014)
Cladonia merochlorophaea Asahina (Flakus et al. 2008)
Cladonia miniata G.Meyer (Herzog 1922, 1923)
Cladonia nana Vain. (Flakus et al. 2013)
Cladonia ochrochlora Flörke (Ahti 2000; Flakus et al. 2013)
Cladonia parasitica (Hoffm.) Hoffm. (Herzog 1922)
Cladonia peltastica (Nyl.) Müll.Arg. (Ahti 2000)
Cladonia pityrophylla Nyl. (Flakus et al. 2012d)
Cladonia pocillum (Ach.) Grognot. (Feuerer et al. 1998; Ahti 2000; Flakus et al. 2012d)
Cladonia pycnoclada (Pers.) Nyl. (Herzog 1922; Santesson 1942)
Cladonia pyxidata (L.) Hoffm. (Nylander 1861; Rusby 1896; Flakus 2008)
Cladonia ramulosa (With.) J. R. Laundon (Flakus et al. 2013)
Cladonia rappii A.Evans (Feuerer et al. 1998; Ahti 2000; Flakus 2008; Flakus et al. 2008, 2012d, 2014)
Cladonia sandstedei DesAbb. (Santesson 1942)
Cladonia signata (Eschw.) Vain. (Ahti 2000; Flakus et al. 2012d, 2014)
Cladonia squamosa Hoffm. (Herzog 1922; Flakus et al. 2008, 2012d, 2014)
Cladonia subradiata (Vain.) Sandst. (Ahti 2000; Flakus et al. 2012d, 2014)
Cladonia subsquamosa Kremp. (Ahti 2000; Flakus 2008; Flakus et al. 2008, 2012d, 2014) 
Cladonia uncialis (L.) Weber ex F. H. Wigg. (Flakus et al. 2016) 
Cladonia vescula Ahti, Kukwa & Flakus (Ahti et al. 2016)
Coccocarpia adnata Arv. (Kukwa et al. 2014, 2016) 
Coccocarpia dissecta Swinscow & Krog (Flakus et al. 2016) 
Coccocarpia domingensis Vain. (Flakus et al. 2014, 2016) 
Coccocarpia epiphylla (Fée) Kremp. (Flakus et al. 2014, 2016) 
Coccocarpia erythrocardia (Müll.Arg.) Arv. (Kukwa et al. 2014) 
Coccocarpia erythroxyli (Spreng.) Swinscow & Krog (Feuerer & Sipman 2005; Flakus 2008; Flakus et al. 2012d, 2014, 2016)
Coccocarpia filiformis Arv. (Flakus 2008; Kukwa et al. 2014) 
Coccocarpia flavicans Arv. (Kukwa et al. 2014) 
Coccocarpia gallaicoi Lücking, Chaves & L.Umaña-Tenorio (Kukwa et al. 2014) 
Coccocarpia imbricascens Nyl. (Kukwa et al. 2014) 
Coccocarpia microphyllina Lücking & Aptroot (Kukwa et al. 2014) 
Coccocarpia neglecta Aptroot & Lücking (Kukwa et al. 2014)
Coccocarpia palmicola (Spreng.) Arv. & D.J.Galloway (Feuerer & Sipman 2005; Flakus 2008; Flakus et al. 2012d; Kukwa et al. 2014)
Coccocarpia pellita (Ach.) Müll.Arg. (Ferraro 2002; Lücking 2008; Flakus et al. 2012d, 2014, 2016)
Coccocarpia prostrata Lücking, Aptroot & Sipman (Lücking et al. 2008; Flakus et al. 2014, 2016)
Coccocarpia stellata Tuck. (Lynge 1925; Flakus et al. 2012d; Kukwa et al. 2014)
Coenogonium barbatum Lücking, Aptroot & L. Umaña-Tenorio (Flakus 2013)
Coenogonium ciliatum Kalb & Lücking (Flakus 2013)
Coenogonium congense C.W.Dodge (Flakus 2008)
Coenogonium dilucidum (Kremp.) Kalb & Lücking (Flakus 2013)
Coenogonium fallaciosum (Müll. Arg.) Kalb & Lücking (Flakus 2013)
Coenogonium flavoviride M. Cáceres & Lücking (Flakus 2013)
Coenogonium geralense (Henn.) Lücking (Flakus 2013)
Coenogonium hypophyllum (Vězda) Kalb & Lücking (Flakus 2013)
Coenogonium interpositum Nyl. (Flakus 2013)
Coenogonium leprieurii (Mont.) Nyl. (Flakus 2013; Flakus et al. 2013)
Coenogonium linkii Ehrenb. (Herzog 1922, 1923; Flakus 2008; Flakus et al. 2013)
Coenogonium luteocitrinum Rivas Plata, Lücking & Umaña (Flakus 2008)
Coenogonium luteum (Dicks.) Kalb & Lücking (Nylander 1861)
Coenogonium minimum (Müll. Arg.) Lücking (Flakus 2013)
Coenogonium nepalense (G. Thor & Vězda) Lücking, Aptroot & Sipman (Flakus et al. 2013)
Coenogonium pulchrum (Müll. Arg.) Kalb (Flakus et al. 2013)
Coenogonium siquirrense (Lücking) Lücking (Flakus 2013)
Coenogonium subdentatum (Vězda & G.Thor) Rivas Plata, Lücking, Umaña & Chaves (Flakus 2008)
Coenogonium subluteum (Rehm.) Kalb & Lücking (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Coenogonium tuckermanii Mont. (Nylander 1859; Rivas Plata et al. 2006; Flakus 2008; Flakus et al. 2016)
Collema fasciculare (L.) Weber ex F.H.Wigg. (Nylander 1861; Degelius 1974)
Collema flagellatum Degel. (Feuerer & Sipman 2005)
Collema implicatum Nyl. (Degelius 1974) 
Coniocarpon cinnabarinum DC. (Ertz et al. 2015; Flakus et al. 2016) 
Constrictolumina chiquitana Flakus, Kukwa & Aptroot (Flakus et al. 2016)
Cora arachnoidea J. E. Hern. & Lücking (Flakus et al. 2012, 2013 as C. glabratum and C. minor, 2014, 2016) 
Cora aspera Wilk, Lücking & E. Morales (Flakus et al. 2012, 2013 as C. glabratum, 2014; Lücking et al. 2013) 
Cora boleslia Lücking, E. Morales & Dal Forno (Lücking et al. 2016) 
Cora bovei Speg (Flakus et al. 2012 as C. minus and C. glabratum, 2014) 
Cora ciferrii (Tomas) Lücking, Grall & Thüs (Flakus et al. 2016) 
Cora corani Lücking, E. Morales & Dal Forno (Lücking et al. 2016) 
Cora glabrata (Spreng.) Fr. (Nylander 1860, 1861; Rusby 1896; Tomaselli 1951; Parmasto 1978; Menhofer 1992; Feuerer et al. 1998; Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008; Lawrey et al. 2009; Flakus et al. 2014, 2016) 
Cora hochesuordensis Lücking, E. Morales & Dal Forno (Lücking et al. 2016) 
Cora maxima Wilk, Dal Forno & Lücking (Lücking et al. 2016) 
Cora minor (Lücking, E. Navarro & Sipman) Lücking (Flakus et al. 2013 as C. glabratum, 2014) 
Cora parabovei Dal Forno, Kukwa & Lücking (Lücking et al. 2016) 
Cora pavonia (Sw.) Fr. (Parmasto 1978; Flakus et al. 2012 as C. glabratum, 2014) 
Cora reticulifera Vain.  (Flakus et al. 2012, 2013 as C./D. glabratum, 2014) 
Cora squamiformis Wilk, Lücking & Yánez-Ayabaca (Flakus & Wilk 2006 as minus; Flakus et al. 2012 as C. minus, 2014; Lücking et al. 2013). 
Cora terricoleslia Wilk, Dal Forno & Lücking (Lücking et al. 2016) 
Cratiria americana (Fée) Kalb & Marbach (Malme 1927)
Cratiria lauricassiae (Fée) Marbach (Nordin 2000)
Cratiria obscurior (Stirton) Marbach & Kalb (Marbach 2000; Flakus et al. 2014)
Cratiria saltensis (H.Magn.) Marbach (Marbach 2000; Flakus et al. 2014) 
Cresponea endosulphurea A.A. Menezes, M. Cáceres & Aptroot (Ertz et al. 2015) 
Cresponea leprieurii (Mont.) Egea & Torrente (Ertz et al. 2015) 
Cratiria melanocheloides (Vain.) Egea & Torrente (Flakus 2008; Ertz et al. 2015)
Crocodia aurata (Ach.) Link (Nylander 1859, 1861; Herzog 1922, 1923; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2012d; as Pseudocyphellaria aurata, 2016;Kukwa et al. 2014)
Crocynia gossypina (Sw.) A. Massal. (Flakus et al. 2013)
Crocynia pyxinoides Nyl. (Flakus et al. 2012d, 2013)
Cryptodiscus similis (Vězda) Baloch (Flakus et al. 2013) 
Crypthonia albida (Fée) Frisch & G.Thor (Ertz et al. 2015) 
Crypthonia olivacea Frisch & G.Thor (Ertz et al. 2015)
Cryptothecia aleurocarpa (Nyl.) Makhija & Patw. (Ertz et al. 2015) 
Cryptothecia darwiniana Bungartz & Elix (Ertz et al. 2015) 
Cryptothecia effusa (Müll.Arg.) R.Sant. (Flakus & Lücking 2008)
Cryptothecia filicina (Ellis & Everh.) Lücking, Thor, Aptroot & Kalb (Flakus 2013) 
Cryptothecia groenhartii Makhija & Patw (Ertz et al. 2015) 
Cryptothecia lichexanthonica E.L.Lima, Aptroot & M.Cáceres (Ertz et al. 2015) 
Cryptothecia megalocarpa (Müll.Arg.) R.Sant. (Ertz et al. 2015) 
Cryptothecia rosae-iselae Flakus & Kukwa (Ertz et al. 2015) 
Cryptothecia striata G.Thor (Ertz et al. 2015)
Culbersonia nubila (Moberg) Essl. (Obermayer et al. 2009; Flakus et al. 2013)
Cystocoleus ebeneus (Dillwyn) Thwaites (Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008, 2016) 
Dibaeis absoluta (Tuck.) Kalb & Gierl (Flakus & Wilk 2006; Flakus et al. 2012d)
Dibaeis columbiana (Vain.) Kalb & Gierl (Gierl & Kalb 1993; Flakus & Wilk 2006; Flakus et al. 2012d, 2015, 2016)
Dibaeis fungoides (Sw.) Kalb & Gierl (Nylander 1859, 1860, 1861; Herzog 1922; Gierl & Kalb 1993)
Dibaeis globulifera Kalb & Gierl (Flakus et al. 2013)
Dichosporidium nigrocinctum (Ehrenb.) G.Thor (Flakus 2008; Ertz et al. 2015) 
Dictyomeridium lueckingii Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016)
Dictyonema melvinii Chaves, Lücking & Umaña (Chaves et al. 2004; Flakus et al. 2012d, 2013)
Dictyonema minus Lücking, Navarro, & Sipman (Flakus & Wilk 2006; Lawrey et al. 2009; Flakus & Kukwa 2012b; Flakus et al. 2012d)
Dictyonema nitidum Lücking (Lawrey et al. 2009) 
Dictyonema obscuratum Lücking, Spielmann & Marcelli (Flakus et al. 2012d, 2013 as D. sericeum f. schenkianum and f. membranaceum, 2014)
Dictyonema phyllogenum (Müll. Arg.) Zahlbr. (Flakus et al. 2013)
Dictyonema sericeum (Sw.) Berk. f. sericeum (Parmasto 1978; Flakus 2008; Flakus et al. 2013)
Dictyonema sericeum f. phyllophilum Parm. (Flakus et al. 2012d, 2013)
Dictyonema schenkianum (Müll.Arg.) Zahlbr. (Parmasto 1978; Flakus 2008)
Dictyonema zahlbruckneri (Schiffn.) Marcano (Feuerer et al. 1998)
Diorygma antillarum (Vain.) Nelsen, Lücking & Rivas Plata (Schiefelbein et al. 2014; Flakus et al. 2016) 
Diorygma confluens (Fée) Kalb, Staiger & Elix (Kukwa et al. 2013a; Schiefelbein et al. 2014)
Diorygma epiglaucum (Müll.Arg.) Kalb, Staiger & Elix (Kalb et al. 2004; Flakus 2008; Schiefelbein et al. 2014)
Diorygma hieroglyphicum (Pers.) Staiger & Kalb (Kukwa et al. 2013a)
Diorygma intermedium Kalb, Staiger & Elix (Kukwa et al. 2013ª; Schiefelbein et al. 2014)
Diorygma junghuhnii (Mont. & Bosch) Kalb, Staiger & Elix (Kukwa et al. 2013a)
Diorygma poitaei (Fée) Kalb, Staiger & Elix (Kukwa et al. 2013ª; Schiefelbein et al. 2014) 
Diorygma reniforme (Fée) Kalb, Staiger & Elix (Schiefelbein et al. 2014) 
Diorygma sipmanii Kalb, Staiger & Elix (Schiefelbein et al. 2014)
Diploschistella trapperi (Kalb & Vězda) Lücking, Sérus. & Vězda (Flakus et al. 2013)
Diploschistes actinostomus (Pers.) Zahlbr. (Feuerer & Sipman 2005; Schiefelbein et al. 2014)
Diploschistes aeneus (Müll.Arg.) Lumbsch (Feuerer & Sipman 2005) 
Diploschistes caesioplumbeus (Nyl.) Vain. (Schiefelbein et al. 2014)
Diploschistes cinereocaesius (Ach.) Vain. (Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2012d; Schiefelbein et al. 2014) 
Diploschistes diacapsis (Ach.) Lumbsch (Schiefelbein et al. 2014) 
Diploschistes diploschistoides (Vain.) G. Salisb. (Schiefelbein et al. 2014) 
Diploschistes euganeus (A. Massal.) Zahlbr. (Schiefelbein et al. 2014) 
Diploschistes hypoleucus Zahlbr. (Schiefelbein et al. 2014) 
Diploschistes muscorum (Scop.) R. Sant. subsp. bartletii Lumbsch (Schiefelbein et al. 2014) 
Diploschistes muscorum (Scop.) R. Sant. subsp. muscorum (Schiefelbein et al. 2014)
Diploschistes scruposus (Schreb.) Norman (Nylander 1861; Feuerer & Sipman 2005; Flakus et al. 2012d)
Dirinaria applanata (Fée) D.D.Awasthi (Awasthi 1975; Flakus et al. 2013) 
Dirinaria confluens (Fr.) Awasthi var. coccinea (Lynge) Awasthi (Flakus et al. 2015) 
Dirinaria melanocarpa (Müll. Arg.) C. W. Dodge (Flakus et al. 2015)
Dirinaria picta (Sw.) Schaer. ex Clem. (Lynge 1924)
Dyplolabia afzelii (Ach.) A.Massal. (Kalb & Staiger 2000; Staiger 2002; Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008; Flakus et al. 2012d; Schiefelbein et al. 2014) 
Echinoplaca bispora Kalb & Vězda (Ferraro 2002; Lücking 2008)
Echinoplaca campanulata Kalb & Vězda (Flakus 2013)
Echinoplaca diffluens (Müll.Arg.) R.Sant. (Ferraro 2002; Lücking 2008)
Echinoplaca epiphylla Fée (Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Echinoplaca intercedens Vězda (Lücking 2008)
Echinoplaca leucotrichoides (Vain.) R.Sant. (Ferraro 2002; Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Echinoplaca pellicula (Müll.Arg.) R.Sant. (Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Echinoplaca tetrapla (Zahlbr.) Lücking (Flakus 2013)
Echinoplaca verrucifera Lücking (Lücking 2008)
Endocarpon pusillum Hedw. (Feuerer & Sipman 2005)
Endocarpon simplicatum var. bisporum McCarthy (Flakus & Wilk 2006)
Enterographa foliicola Matzer & Lücking (Flakus & Lücking 2008)
Erioderma barbellatum P.M.Jørg. & Arv. (Jørgensen & Arvidsson 2002; Etayo et al. 2013; Kukwa et al. 2014) 
Erioderma cyathophorum P.M.Jørg. & Arv. (Kukwa et al. 2014)
Erioderma divisum P.M.Jørg. & Arv. (Jørgensen & Arvidsson 2002; Kukwa et al. 2014) 
Erioderma granulosum P.M.Jørg. & Arv. (Kukwa et al. 2014)
Erioderma latilobatum P.M.Jørg. & Sipman (Jørgensen & Arvidsson 2002)
Erioderma leylandii (Taylor) Müll.Arg. (Jørgensen & Arvidsson 2002; Kukwa et al. 2014)
Erioderma papyraceum P.M.Jørg. & Arv. (Jørgensen & Arvidsson 2002)
Erioderma peruvianum P.M.Jørg. & Arv. (Jørgensen & Arvidsson 2002; Kukwa et al. 2014) 
Erioderma pycnidiferum P.M.Jørg. & Arv. (Kukwa et al. 2014) 
Erioderma sinuatum P.M.Jørg. & Arv. (Kukwa et al. 2014) 
Erioderma verruculosum (Vain.) Hue (Jørgensen & Arvidsson 2002; Kukwa et al. 2014)
Erioderma wrightii Tuck. (Kukwa et al. 2014)
Eschatogonia dissecta Timdal & R. Sant. (Flakus et al. 2013)
Eugeniella corallifera (Lücking) Lücking, Sérus. & Kalb (Flakus 2013)
Eugeniella leucocheila (Tuck.) Lücking, Sérus. & Kalb (Flakus 2013)
Eugeniella psychotriae (Müll. Arg.) Lücking, Sérus. & Kalb (Flakus 2013) 
Everniopsis trulla (Ach.) Nyl. (Feuerer et al. 1998) 
Fellhanera bouteillei (Desm.) Vězda (Flakus 2013)
Fellhanera fuscatula (Müll.Arg.) Vězda (Ferraro 2002; Flakus 2013)
Fellhanera longispora Lücking (Flakus 2013)
Fellhanera misionensis L.I.Ferraro & Lücking (Lücking 2008)
Fellhanera muhlei Lücking (Flakus 2013)
Fellhanera punctata Lücking (Flakus 2013)
Fellhanera rhapidophylli (Rehm) Vězda (Ferraro 2002; Lücking 2008)
Fellhanera semecarpi (Vain.) Vězda (Flakus 2013)
Fellhanera stanhopeae (Müll.Arg.) Lücking, Lumbsch & Elix (Ferraro 2002; Lücking 2008; Flakus 2013)
Fellhanera verrucifera Lücking (Flakus 2013)
Fissurina cingalina (Nyl.) Staiger (Kukwa et al. 2013a)
Fissurina dumastii Fée (Kukwa et al. 2013a) 
Fissurina triticea (Nyl.) Staiger (Schiefelbein et al. 2014)
Flakea papillata O. E. Erikss. (Flakus et al. 2012d)
Flavobathelium epiphyllum Lücking, Aptroot & Thor (Flakus 2013)
Flavocetraria cucullata (Bellardi) Kärnefelt & A.Thell (Herzog 1922; Hasselroth 1953; Menhofer 1992; Feuerer et al. 1998; Bjerke & Elvebakk 2004; Flakus et al. 2012d, 2016)
Flavoparmelia caperata (L.) Hale (Nylander 1859, 1860)
Flavoparmelia ecuadoriensis T.H.Nash, Elix & Johnston (Feuerer et al. 1998)
Flavoparmelia exornata (Zahlbr.) Hale (Feuerer et al. 1998)
Flavoparmelia gerlachei (Zahlbr.) Hale (Feuerer et al. 1998; Quilhot et al. 2007; Flakus et al. 2015)
Flavoparmelia rutidota (Hook.f. & Taylor) Hale (Hale 1976; Flakus et al. 2011b)
Flavopunctelia flaventior (Stirt.) Hale (Feuerer et al. 1998; Canseco et al. 2006; Flakus et al. 2011b, 2014) 
Flavopunctelia praesignis (Nyl.) Hale (Flakus et al. 2011b, 2014)
Flavopunctelia soredica (Nyl.) Hale (Flakus et al. 2012d, 2015) 
Gassicurtia ferruginascens (Malme) Marbach & Kalb (Flakus et al. 2014) 
Glyphis cicatricosa Ach. (Flakus & Wilk 2006; Flakus et al. 2013, 2016)
Glyphis scyphulifera (Ach.) Staiger (Flakus et al. 2013, 2016; Kukwa et al. 2013a)
Glyphis substriatula (Nyl.) Staiger (Flakus et al. 2013; Kukwa et al. 2013a)
Gomphillus hyalinus (Pat.) Lücking, Kalb & Vězda (Flakus et al. 2012d, 2013)
Graphis acharii Fée (Kukwa et al. 2013a, 2016) 
Graphis apertoinspersa Rivas Plata & Lücking (Flakus et al. 2016)
Graphis argentata Lücking & Umaña (Flakus et al. 2013, 2016; Kukwa et al. 2013a)
Graphis boliviana Kukwa & Flakus (Kukwa et al. 2013a)
Graphis carassensis Vain. (Kukwa et al. 2013a) 
Graphis caesiella Vain. (Schiefelbein et al. 2014)
Graphis chrysocarpa (Raddi) Spreng. (Flakus 2008) 
Graphis cincta (Pers.) Aptroot (Schiefelbein et al. 2014; Flakus et al. 2016) 
Graphis cinerea Fée (Flakus et al. 2016)
Graphis conferta Zenker (Kukwa et al. 2013a) 
Graphis daintreensis (A. W. Archer) A. W. Archer (Schiefelbein et al. 2014) 
Graphis dracaenae Vain. (Schiefelbein et al. 2014)
Graphis duplicata Ach. (Flakus et al. 2013, 2016; Kukwa et al. 2013a; Schiefelbein et al. 2014) 
Graphis duplicatoinspersa Lücking (Schiefelbein et al. 2014) 
Graphis emersa Müll. Arg. (Schiefelbein et al. 2014) 
Graphis evirescens (Redinger) Lücking aff. (Schiefelbein et al. 2014)
Graphis glaucescens Fée (Kukwa et al. 2013a) 
Graphis globosa (Fée) Spreng. (Flakus et al. 2016) 
Graphis haleana R. C. Harris (Flakus et al. 2016) 
Graphis handelii Zahlbr. (Schiefelbein et al. 2014) 
Graphis hossei Vain. (Schiefelbein et al. 2014)
Graphis illinata Eschw. (Flakus & Wilk 2006; Schiefelbein et al. 2014; Flakus et al. 2016) 
Graphis immersella Müll. Arg. (Schiefelbein et al. 2014) 
Graphis librata Knight (Schiefelbein et al. 2014; Flakus et al. 2016)
Graphis lineola Ach. (Kukwa et al. 2013a; Flakus et al. 2016)
Graphis litoralis Lücking, Sipman & Chaves (Kukwa et al. 2013a)
Graphis lumbricina Vain. (Flakus et al. 2013; Kukwa et al. 2013a; Schiefelbein et al. 2014) 
Graphis marginata Raddi (Flakus et al. 2016)
Graphis mexicana (Hale) Kalb, Lücking & Lumbsch (Kukwa et al. 2013a; Flakus et al. 2016)
Graphis nanodes Vain. (Kukwa et al. 2013a)
Graphis nudaeformis Lücking (Flakus et al. 2013; Kukwa et al. 2013a) 
Graphis paralleloides Cáceres & Lücking (Schiefelbein et al. 2014) 
Graphis paraserpens Lizano & Lücking (Schiefelbein et al. 2014)
Graphis parilis Kremp. (Kukwa et al. 2013a; Flakus et al. 2016) 
Graphis phaeospora Vain. (Schiefelbein et al. 2014) 
Graphis pilarensis Cáceres & Lücking (Flakus et al. 2016)
Graphis pinicola Zahlbr. (Flakus et al. 2013; Kukwa et al. 2013a) 
Graphis pitmanii Rivas Plata & Lücking (Schiefelbein et al. 2014) 
Graphis pittieri Lücking, Umaña, Sipman & Chaves
Graphis proserpens Vain. (Kukwa et al. 2013a) 
Graphis puiggarii (Müll. Arg.) Lücking (Schiefelbein et al. 2014; Flakus et al. 2016) 
Graphis rhizocola (Fée) Lücking & Chaves (Schiefelbein et al. 2014)
Graphis ruiziana (Fée) A.Massal. (Flakus et al. 2013; Kukwa et al. 2013a)
Graphis seawardii Flakus & Kukwa (Kukwa et al. 2013a) 
Graphis sitiana Vain. (Schiefelbein et al. 2014) 
Graphis striatula (Ach.) Spreng. (Flakus et al. 2016) 
Graphis subchrysocarpa Lücking (Schiefelbein et al. 2014)
Graphis subflexibilis Lücking & Chaves (Flakus et al. 2013; Kukwa et al. 2013a) 
Graphis subradiata (Nyl.) Lücking (Schiefelbein et al. 2014)
Graphis subserpens Staiger (Kukwa et al. 2013a) 
Graphis supracola A. W. Archer (Schiefelbein et al. 2014)
Graphis tenella Ach. (Kukwa et al. 2013a; Flakus et al. 2016) 
Graphis tenoriensis Chaves & Lücking (Flakus et al. 2016)
Graphis tenuescens Nyl. (Kukwa et al. 2013a)
Graphis tumidula (Fée) Spreng. (Flakus et al. 2013; Kukwa et al. 2013a)
Graphis urandrae Vain. (Kukwa et al. 2013a)
Graphis vestitoides (Fink) Staiger (Kukwa et al. 2013a; Flakus et al. 2016)
Gyalectidium catenulatum (Cavalc. & A.A.Silva) Ferraro, Lücking & Sérus. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Gyalectidium filicinum Müll.Arg. (Ferraro et al. 2001; Ferraro 2002; Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Gyalectidium imperfectum Vězda (Flakus 2013)
Gyalectidium laciniatum Lücking (Flakus 2013)
Gyalectidium pallidum Herrera-Campos & Lücking (Flakus 2013)
Gyalidea hyalinescens (Nyl.) Vězda (Flakus et al. 2013)
Gyalideopsis  kalbii Vězda (Flakus et al. 2013) 
Gyalideopsis lambinonii Vězda (Flakus et al. 2015)
Gyalideopsis vulgaris (Müll.Arg.) Lücking (Flakus & Lücking 2008) 
Gyronactis elaeocarpa (Nyl.) Ertz & Tehler (Ertz et al. 2015) 
Haematomma cinchonarum Kalb & Staiger (Staiger & Kalb 1995; Brodo 2008)
Haematomma fenzlianum A. Massal. (Flakus et al. 2012d)
Haematomma flexuosum Hillm. (Staiger & Kalb 1995)
Haematomma fluorescens Kalb & Staiger (Staiger & Kalb 1995) 
Haematomma subinnatum (Malme) Kalb & Staiger (Flakus et al. 2014)
Hemithecium chlorocarpum (Fée) Trevis. (Kukwa et al. 2013a) 
Hemithecium laubertianum (Fée) Staiger (Schiefelbein et al. 2014) 
Hemithecium oryzaeforme (Fée) Staiger (Flakus et al. 2016)
Herpothallon aurantiacoflavum (B. de Lesd.) Aptroot, Lücking & G.Thor (Flakus et al. 2012d; Ertz et al. 2015) 
Herpothallon cinereum G.Thor (Ertz et al. 2015) 
Herpothallon confluenticum Aptroot & Lücking (Ertz et al. 2015) 
Herpothallon echinatum Aptroot, Lücking & Will-Wolf (Ertz et al. 2015) 
Herpothallon fertile Aptroot & Lücking (Ertz et al. 2015) 
Herpothallon furfuraceum G.Thor (Ertz et al. 2015) 
Herpothallon minimum Aptroot & Lücking (Ertz et al. 2015) 
Herpothallon philippinum (Vain.) Aptroot & Lücking (Ertz et al. 2015) 
Herpothallon pustulatum G.Thor (Ertz et al. 2015) 
Herpothallon roseocinctum (Fr.) Aptroot, Lücking & G.Thor (Ertz et al. 2015)
Herpothallon rubrocinctum (Ehrenb.) Aptroot, Lücking & G.Thor (Thor 1991; Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008; Ertz et al. 2015) 
Herpothallon rubroechinatum Frisch & G.Thor (Ertz et al. 2015) 
Herpothallon rubromaculatum G.Thor (Ertz et al. 2015)
Heterocyphelium leucampyx (Tuck.) Vain. (Flakus et al. 2013)
Heterodermia  arvidssonii Moberg (Flakus et al. 2013, 2015)
Heterodermia allardii (Kukok.) Trass (Kurokawa 1962; Trass 1992; Moberg 2011) 
Heterodermia badia Moberg (Moberg 2011)
Heterodermia barbifera (Nyl.) K.P.Singh. (Herzog 1922; Trass 1992)
Heterodermia casarettiana (A.Massal.) (Trevis Kurokawa 1962; Trass 1992; Flakus et al. 2012d, 2015)
Heterodermia chilensis (Kurok.) Swinscow & Krog (Feuerer 2010)
Heterodermia comosa (Eschw.) Follman & Rédon (Nylander 1859, 1860, 1861; Herzog 1922; Lynge 1924; Kurokawa 1962; Trass 1992; Moberg 2011; Flakus et al. 2012d, 2014, 2016) 
Heterodermia corallophora (Tayl.) Scorepa (Flakus et al. 2012d, 2015)
Heterodermia cubensis (Kurok.) Trass (Flakus et al. 2012d)
Heterodermia diademata (Tayl.) D. D. Awasthi (Flakus et al. 2013)
Heterodermia fertilis Moberg (Moberg 2011; Flakus et al. 2012d, 2014)
Heterodermia flabellata (Fée) D. D. Awasthi (Flakus et al. 2012d, 2013)
Heterodermia galactophylla (Tuck.) W. L. Culb. (Flakus et al. 2012d, 2014)
Heterodermia granulifera (Ach.) W.L.Culb. (Feuerer 2010)
Heterodermia hypoleuca (Ach.) Trevis (Rusby 1896; Lynge 1924)
Heterodermia isidiophora (Vain.) D.D.Awasthi (Feuerer 2010; Moberg 2011; Flakus et al. 2013) 
Heterodermia japonica (Sato) Swinsc. & Krog (Feuerer 2010; Flakus et al. 2012d, 2013)
Heterodermia leucomela (L.) Poelt (Nylander 1859, 1861; Rusby 1896; Herzog 1922, 1923; Lynge 1924; Feuerer et al. 1998; Moberg 2010; Flakus et al. 2014) 
Heterodermia leucomela ssp. boryi (Fée) Swinscow & Krog (Feuerer & Sipman 2005; Flakus et al. 2012d, 2016)
Heterodermia lutescens (Kurok.) Follman (Moberg 2011; Flakus et al. 2012d, 2014, 2015)
Heterodermia magellanica (Zahlbr.) Swinscow & Krog s.l. (Flakus et al. 2012d)
Heterodermia multiciliata (Kurok.) Trass (Feuerer 2010)
Heterodermia obscurata (Nyl.) Trevis. (Feuerer & Sipman 2005, 2015)
Heterodermia palpebrata (Tayl.) Vain. (Flakus et al. 2012d, 2013)
Heterodermia parva Moberg (Flakus et al. 2012d, 2016)
Heterodermia podocarpa (Bél.) D.D.Awasthi (Herzog 1922; Lynge 1924; Moberg 2011; Flakus et al. 2012d, 2014)
Heterodermia reagens (Kurok.) Elix (Flakus et al. 2012d, 2013)
Heterodermia speciosa (Wulf.) Trevis. (Nylander 1859; Herzog 1922, 1923; Moberg 2011)
Heterodermia spinigera (Kurok.) Moberg (Flakus et al. 2013)
Heterodermia squamulosa Degel. (Flakus et al. 2013, 2016)
Heterodermia stellata (Vain.) W.A.Weber (Kurokawa 1962)
Heterodermia trichophora (Kurok.) Trass (Kurokawa 1962; Trass 1992)
Heterodermia vulgaris (Vain.) Follman & Rédon (Herzog 1922; Kurokawa 1962; Trass 1992; Feuerer 2010; Moberg 2011; Flakus et al. 2012d, 2014) 
Hyperphyscia syncolla (Tuck.) Kalb (Flakus et al. 2013)
Hypogymnia subphysodes (Kremp.) Filson (Flakus et al. 2011b, 2016)
Hypotrachyna andensis Hale (Feuerer & Sipman 2005; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna anzeana Elix, T.H.Nash & Sipman (Sipman et al. 2009)
Hypotrachyna aspera C.H. Ribeiro & Marcelli (Flakus et al. 2012c; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna bogotensis (Vain.) Hale (Feuerer et al. 1998; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna brevidactylata Sipman, Elix & T.H.Nash (Sipman et al. 2009)
Hypotrachyna caraccensis (Taylor) Hale (Magnusson & Zahlbruckner 1944; Hale 1975; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna chicitae (Hale) Hale (Feuerer et al. 1998; Feuerer & Sipman 2005; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b)
Hypotrachyna chlorina (Müll.Arg.) Hale (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013) 
Hypotrachyna cirrhata (Fr.) Divakar, A. Crespo, Sipman, Elix & Lumbsch (Herzog 1922; Sipman 1992; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2011b, 2015) 
Hypotrachyna citrella (Kurok.) Hale (Sipman et al. 2009) 
Hypotrachyna columbiensis (Zahlbr.) Divakar, Crespo, Sipman, Elix & Lumbsch (Flakus et al. 2011b, 2016)
Hypotrachyna dactylifera (Vain.) Hale (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna damaziana (Zahlbr.) Krog & Swinscow (Flakus et al. 2012d)
Hypotrachyna degelii (Hale) Hale (Feuerer et al. 1998; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna densirhizinata (Kurok.) Hale (Hale & Kurokawa 1964; Hale 1975; Feuerer et al. 1998; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna dentella (Hale & Kurok.) Hale (Flakus et al. 2012c, 2016; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna ducalis (Jatta) Hale (Feuerer & Sipman 2005; Sipman et al. 2009)
Hypotrachyna enderythraea (Zahlbr.) Hale (Hale 1975; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna endochlora (Leighton) Hale (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna ensifolia (Kurok.) Hale (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b ) 
Hypotrachyna fragilis (Sipman) Divakar, A. Crespo, Sipman, Elix & Lumbsch (Flakus et al. 2011b)
Hypotrachyna gondylophora (Hale) Hale (Hale 1975; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b)
Hypotrachyna halei Sipman, Elix & T.H. Nash (Flakus et al. 2012c; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna horrescens (Taylor) Krog & Swinscow (Flakus et al. 2012d)
Hypotrachyna hypoalectorialica Elix & T.H.Nash (Sipman et al. 2009) 
Hypotrachyna imbricatula (Zahlbr.) Hale (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna immaculata (Kurok.) Hale (Sipman et al. 2009)
Hypotrachyna isidiocera (Nyl.) Hale (Sipman et al. 2009)
Hypotrachyna laevigata (Smith) Hale (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna livida (Taylor) Hale (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna lividescens (Kurok.) Hale (Flakus et al. 2012c)
Hypotrachyna longiloba (H.Magn.) Hale (Hale 1975; Adler & Calvelo 2007; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b, 2012d; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna neoscytodes Elix, T.H.Nash & Sipman (Flakus et al. 2012c) 
Hypotrachyna nepalensis (Taylor) Divakar, Crespo, Sipman, Elix & Lumbsch (Flakus et al. 2011b, 2016) 
Hypotrachyna neohalei Divakar, A. Crespo, Sipman, Elix & Lumbsch (Culberson & Culberson 1981; Sipman 1992 as E. halei) 
Hypotrachyna nigrociliata (de Lesd.) Divakar, A. Crespo, Sipman, Elix & Lumbsch (Flakus et al. 2011b)
Hypotrachyna microblasta (Vain.) Hale (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b, 2014; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna palmarum (Lynge) Hale (Sipman et al. 2009)
Hypotrachyna partita Hale (Flakus et al. 2012c; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna peruviana (Nyl.) Hale (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b, 2016)
Hypotrachyna physcioides (Nyl.) Hale (Nylander 1885; Hale 1975; Anze 1996; Feuerer et al. 1998; Adler & Calvelo 2007; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b, 2016; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna pluriformis (Nyl.) Hale (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna primitiva Hale & López-Fig. (Flakus et al. 2012c)
Hypotrachyna producta Hale (Feuerer et al. 1998; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b)
Hypotrachyna prolongata (Kurok.) Hale (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna protenta Hale (Feuerer & Sipman 2005; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b)
Hypotrachyna protocetrarica Elix, T.H.Nash & Sipman (Flakus et al. 2012c) 
Hypotrachyna protochlorina Sipman, Elix & T. H. Nash (Flakus et al. 2016)
Hypotrachyna pseudosinuosa (Asahina) Hale (Flakus et al. 2012c)
Hypotrachyna pulvinata (Fée) Hale (Hale 1975; Feuerer & Sipman 2005; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b)
Hypotrachyna revoluta (Flörke) Hale (Hale 1975; Flakus et al. 2011b)
Hypotrachyna rockii (Zahlbr.) Hale (Feuerer et al. 1998; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b, 2014; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna sinuosa (Smith) Hale (Nylander 1859; Hale 1975; Feuerer et al. 1998; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b) 
Hypotrachyna sinuosella Elix, T. H. Nash & Sipman (Flakus et al. 2016) 
Hypotrachyna sorocheila (Vain.) Divakar, A. Crespo, Sipman, Elix & Lumbsch (Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2011b, 2015) 
Hypotrachyna steyermarkii (Hale) Hale (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b; Divakar et al. 2013)
Hypotrachyna subformosana Hale ex Elix, T.H.Nash & Sipman (Flakus et al. 2012c, 2015)
Hypotrachyna sublaevigata (Nyl.) Hale (Feuerer et al. 1998; Adler & Calvelo 2007; Sipman et al. 2009) 
Hypotrachyna subplana (Sipman) Divakar, A. Crespo, Sipman, Elix & Lumbsch (Flakus et al. 2011b, 2014) 
Hypotrachyna subvexans (Sipman) Divakar, A. Crespo, Sipman, Elix & Lumbsch (Flakus et al. 2011b) 
Hypotrachyna tariensis Elix (Flakus et al. 2016) 
Hypotrachyna vexans (W. L. Culb. & C. F. Culb.) Divakar, Crespo, Sipman, Elix & Lumbsch (Sipman 1992; Flakus et al. 2011b, 2012d, 2016) 
Icmadophila aversa (Nyl.) Rambold & Hertel (Wilk 2010)
Ingvariella bispora (Bagl.) Guderley & Lumbsch (Flakus et al. 2013) 
Josefpoeltia parva (Räs.) Frödén & L.Lindblom (Kondratyuk & Kärnefelt 1997; Frödén & Lindblom 2003; Canseco et al. 2006; Flakus et al. 2015) 
Keratosphaera multiseptata Flakus & Lücking (Flakus & Lücking 2008) 
Lasioloma arachnoideum (Kremp.) R. Sant. (Flakus 2013) 
Lecanactis epileuca (Nyl.) Tehler (Ertz et al. 2015) 
Lecanactis flaviseda (Nyl.) Tehler (Ertz et al. 2015) 
Lecanactis minuta Ertz, Flakus & Kukwa (Ertz et al. 2015) 
Lecanactis platygraphoides (Müll.Arg.) Zahlbr. (Ertz et al. 2015) 
Lecanographa uniseptata Ertz, van den Boom, Tehler & Degreef (Ertz et al. 2015) 
Lecanora bicincta Ramond (Śliwa et al. 2014)
Lecanora caesiorubella subsp. prolifera (Fink) R.C.Harris (Feuerer & Sipman 2005)
Lecanora cavicola Creveld (Śliwa et al. 2012)
Lecanora coronulans Nyl. (Lumbsch et al. 1996; Feuerer & Sipman 2005)
Lecanora dispersa (Pers.) Sommerf. (Feuerer et al. 1998)
Lecanora farinacea Fée (Nylander 1861; Flakus et al. 2013)
Lecanora flavidomarginata B. de Lesd. (Feuerer & Sipman 2005)
Lecanora flowersiana H.Magn. (Śliwa et al. 2012) 
Lecanora fulvastra Kremp. (Śliwa et al. 2014)
Lecanora garovaglii (Körb.) Zahlbr. (Ryan & Nash 1993; Feuerer et al. 1998; Feuerer & Sipman 2005) 
Lecanora hagenii (Ach.) Ach. (Śliwa et al. 2014)
Lecanora helva Stizenb. (Guderley 1999)
Lecanora intricata (Ach.) Ach. (Feuerer et al. 1998; Messuti & Vobis 2003)
Lecanora laxa (Śliwa & Wetmore) Printzen (Śliwa et al. 2012) 
Lecanora percrenata H. Magn. (Śliwa et al. 2014)
Lecanora plumosa Müll.Arg. (Feuerer & Sipman 2005)
Lecanora polytropa (Ehrh. ex Hoffm.) Rabenh. (Feuerer et al. 1998; Quilhot et al. 2007)
Lecanora rupicola (L.) Zahlbr. var. rupicola (Nylander 1861)
Lecanora semipallida H.Magn. (Śliwa et al. 2012) 
Lecanora stramineoalbida Vain. (Śliwa et al. 2014) 
Lecanora strobilina (Spreng.) Kieff. (Śliwa et al. 2014)
Lecanora stenotropa Nyl. (Śliwa et al. 2012; Flakus et al. 2013)
Lecanora subaurea Zahlbr. (Śliwa et al. 2012)
Lecanora sulfurescens Fée (Guderley 1999)
Lecanora tropica A.Zahlbr. (Guderley 1999)
Lecanora wilsonii Müll.Arg. subsp. wilsonii (Guderley 1999)
Lecidea confluens (Weber) Ach. (Nylander 1861)
Lecidea fuscoatra (L.) Ach. (Nylander 1861)
Lecidea lactea Flörke (Nylander 1861)
Lecidea tessellata Flörke (Feuerer et al. 1998; Hertel 2007)
Lecidella effugiens (B.Nilson) Knoph & Hertel (Knoph & Leuckert 1994)
Lecidella herteliana Knoph & Leuckert (Knoph & Leuckert 1994)
Lecidella latypiza (Nyl.) M.Choisy (Knoph & Leuckert 1994)
Lecidella viridans (Flot.) Körb. (Knoph & Leuckert 1994)
Lecidella wulfenii (Hepp) Körb. (Hertel 2007)
Leiorreuma hypomelaenum (Müll.Arg.) Staiger (Kukwa et al. 2013a) 
Leiorreuma lyellii (Sm.) Staiger (Schiefelbein et al. 2014)
Lepraria achariana Flakus & Kukwa (Flakus & Kukwa 2007; Saag et al. 2009; Flakus et. al. 2011ª, 2015) 
Lepraria alpina (B. de Lesd.) Tretiach & Baruffo (Flakus & Kukwa 2007)
Lepraria arbuscula (Nyl.) Lendemer & Hodkinson (Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008 as Leprocaulon arbuscula; Flakus et al. 2015)
Lepraria caesioalba (B. de Lesd.) J. R. Laundon (Flakus & Kukwa 2007) 
Lepraria diffusa (J.R. Laundon) Kukwa (Flakus et al. 2011a)
Lepraria ecorticata (J.R. Laundon) Kukwa (Flakus & Kukwa 2007; Flakus et al. 2011a, 2015)
Lepraria elobata Tønsberg (Flakus et al. 2013) 
Lepraria finkii (B. de Lesd.) R. C. Harris (Flakus & Kukwa 2007; Flakus et al. 2011a, b, 2012d as L. lobificans, 2014, 2015)
Lepraria glaucosorediata Flakus & Kukwa (Kukwa & Flakus 2009)
Lepraria gracilescens (Nyl.) Lendemer & Hodkinson (Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008; Flakus et al. 2012d, as Leprocaulon gracilescens, 2015)
Lepraria impossibilis Sipman (Flakus & Kukwa 2007; Flakus et al. 2015)
Lepraria incana (L.) Ach. (Flakus & Kukwa 2007; Flakus et al. 2011a,b, 2015)
Lepraria jackii Tønsberg (Flakus et al. 2013)
Lepraria lecanorica Tønsberg (Flakus & Kukwa 2007; Flakus et al. 2013) 
Lepraria neglecta (Nyl.) Erichsen (Flakus et al. 2015)
Lepraria neojackii Flakus & Kukwa (Flakus & Kukwa 2007; Saag et al. 2009)
Lepraria pallida Sipman (Flakus & Kukwa 2007; Flakus et al. 2011a, 2015)
Lepraria rigidula (B. de Lesd.) Tønsberg (Flakus & Kukwa 2007; Flakus et al. 2015) 
Lepraria sipmaniana (Kümmerling & Leuckert) Kukwa (Flakus et al. 2011a) 
Lepraria squamatica Elix (Flakus & Kukwa 2007; Saag et al. 2009) 
Lepraria stephaniana Elix, Flakus & Kukwa (Flakus et al. 2011a)
Lepraria vouauxii (Hue) R.C.Harris (Flakus & Kukwa 2007; Flakus et al. 2011a,b, 2015)
Lepraria yunnaniana (Hue) Zahlbr. (Kukwa & Flakus 2009; Flakus et al. 2012d, 2015)
Leprocaulon textum (K. Knudsen, Elix & Lendemer) Lendemer & Hodkinson (Flakus et al. 2013)
Leproplaca cirrochroa (Ach.) Arup, Frödén & Søchting (Nylander 1861) 
Leptogidium dendriscum (Nyl.) Nyl. (Kukwa et al. 2014)
Leptogium andinum P.M.Jørg. (Jørgensen 1975; Feuerer & Sipman 2005)
Leptogium burgessii (L.) Mont. (Feuerer & Sipman 2005)
Leptogium caperatum P.M.Jørg. & Wallace (Jørgensen 1997)
Leptogium cochleatum (Dicks.) P.M. Jørg. & P. James (Nylander 1861; Herzog 1922)
Leptogium cyanescens (Pers.) Körb. (Feuerer & Sipman 2005)
Leptogium diaphanum (Sw.) Mont. (Dodge 1933)
Leptogium hildenbrandii (Garov.) Nyl. (Nylander 1861)
Leptogium inflexum Nyl. (Nylander 1861)
Leptogium laceroides B. de Lesd. (Feuerer & Sipman 2005)
Leptogium lichenoides (L.) Zahlbr. (Nylander 1861)
Leptogium mandonii P.M.Jørg. (Jørgensen 1975; Feuerer & Sipman 2005)
Leptogium menziesii (Sm.) Mont. (Nylander 1861)
Leptogium olivaceum (Hook.) Zahlbr (Nylander 1860, 1861; Herzog 1922; Dodge 1933)
Leptogium phyllocarpum (Pers.) Nyl. (Rusby 1896; Herzog 1922; Nowak & Winkler 2000)
Leptogium pulchellum (Ach.) Nyl. (Nylander 1861; Rusby 1896)
Leptogium resupinans Nyl. (Nylander 1861; Jørgensen 1975; Arvidsson & Wall 1985)
Leptogium vesiculosum (Sw.) Malme (Feuerer & Sipman 2005)
Leptogium vesiculosum var. digitatum (Eschw.) C.W.Dodge (Nylander 1861; Herzog 1922; Dodge 1933)
Letrouitia flavidula (Tuck.) Hafellner (Flakus et al. 2013)
Lobaria discolor (Bory) Hue (Herzog 1922, 1923) 
Lobariella angustata B.Moncada & Lücking (Kukwa et al. 2014) 
Lobariella auriculata B.Moncada & Lücking (Kukwa et al. 2014) 
Lobariella exornata (Zahlbr.) Yoshim. (Moncada et al. 2013; Kukwa et al. 2014)
Lobariella crenulata (Hook.f.) Yoshim. (Nylander 1861; Flakus 2008) 
Lobariella pallida (Hook.f.) Moncada & Lücking (Nylander 1861; Rusby 1896; Herzog 1923; Feuerer et al. 1998; Kukwa et al. 2014) 
Lobariella pallidocrenulata B.Moncada & Lücking (Kukwa et al. 2014) 
Lobariella parmelioides B.Moncada & Lücking (Kukwa et al. 2014) 
Lobariella pseudocrenulata B.Moncada & Lücking (Kukwa et al. 2014) 
Lobariella reticulata B.Moncada & Lücking (Kukwa et al. 2014) 
Lobariella spathulifera B.Moncada & Lücking (Kukwa et al. 2014) 
Lobariella subcrenulata B.Moncada & Lücking (Kukwa et al. 2014) 
Lobariella subcrenulata Moncada & Lücking (Flakus et al. 2016)
Lyromma coronatum Flakus & Farkas (Flakus 2013; Flakus & Farkas 2013)
Lyromma dolicobelum Cavalc. (Flakus 2013; Flakus & Farkas 2013)
Lyromma multisetulatum Flakus & Farkas (Flakus & Farkas 2013)
Lyromma nectandrae Bat. & H. Maia (Flakus 2013; Flakus & Farkas 2013)
Lyromma ornatum Lücking, Kalb & Sérus. (Flakus 2013; Flakus & Farkas 2013)
Lyromma palmae (Calvac. & A. A. Silva) Lücking & Sérus. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013; Flakus & Farkas 2013)
Lyromma pilosum Lücking (Flakus 2013; Flakus & Farkas 2013) 
Malmidea amazonica (Redinger) Kalb, Rivas Plata & Lumbsch (Flakus et al. 2013) 
Malmidea badimioides (M. Cáceres & Lücking) M. Cáceres & Kalb (Flakus et al. 2014)
Malmidea granifera (Ach.) Kalb, Rivas Plata & Lumbsch (Flakus et al. 2013)
Malmidea hypomela (Nyl.) Kalb & Lücking (Nylander 1859; Flakus et al. 2013)
Malmidea leptoloma (Müll.Arg.) Kalb & Lücking (Müller 1895; Flakus et al. 2013)
Malmidea piperis (Spreng.) Kalb, Rivas Plata & Lumbsch (Nylander 1859; Flakus 2008; Flakus et al. 2013) 
Malmidea rhodopsis (Tuck.) Kalb, Rivas Plata & Lumbsch (Flakus 2008; Flakus et al. 2013) 
Malmidea sulphureosorediata M. Cáceres, D. A. Mota & Aptroot (Flakus et al. 2015)
Malmidea trailiana (Müll. Arg.) Kalb, Rivas Plata & Lumbsch (Flakus 2013)
Malmidea vinosa (Eschw.) Kalb, Rivas Plata & Lumbsch (Flakus et al. 2013)
Marcelaria purpurina (Nyl.) Aptroot, Nelsen & Parnmen (Aptroot et al. 2013; Flakus et al. 2016) 
Maronea constans (Nyl.) Hepp (Flakus et al. 2014)
Mazosia conica Sérus. (Flakus 2013)
Mazosia dispersa (Hedr.) R.Sant. (Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Mazosia melanophthalma (Müll.Arg.) R.Sant. (Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Mazosia paupercula (Müll.Arg.) R.Sant. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Mazosia phyllosema (Nyl.) Zahlbr. (Santesson 1952; Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Mazosia pilosa Kalb & Vězda (Flakus 2013)
Mazosia praemorsa (Stirt.) R. Sant. (Flakus 2013)
Mazosia pseudobambusae Kalb & Vězda (Flakus 2013)
Mazosia rotula A.Massal. (Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Mazosia rubropunctata R. Sant. (Flakus 2013)
Mazosia tenuissima Lücking & Matzer (Flakus 2013)
Mazosia tumidula (Stirt.) Müll. Arg. (Flakus 2013)
Megalaria versicolor (Flot.) Kalb & Hafellner, Fryday & Lendemer (Flakus 2008; Flakus et al. 2012d, 2015, 2016)
Megalospora  admixta (Nyl.) Sipman (Flakus et al. 2013)
Megalospora sulphurata subsp. sulphurata Meyen (Flakus 2008)
Megalospora tuberculosa (Fée) Sipman (Sipman 1983; Feuerer et al. 1998; Flakus 2008; Flakus et al. 2012d, 2015)
Megaspora verrucosa (Ach.) L. Arcadia & A. Nordin (Flakus et al. 2013)
Melanohalea zopheroa (Essl.) O.Blanco, A.Crespo, Divakar, Essl., D.Hawksw. & Lumbsch (Feuerer et al. 1998) 
Menegazzia subsimilis (H. Magn.) R. Sant. (Flakus et al. 2014)
Micarea peliocarpa (Anzi) Coppins (Flakus et al. 2012d)
Microtheliopsis uleana Müll.Arg. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Microtheliopsis uniseptata Herrera-Campos & Lücking (Flakus 2013)
Mycomicrothelia melanospora (Hepp) D.Hawksw. (Nylander 1859; Flakus et al. 2016) 
Myelochroa lindmanii (Lynge) Elix & Hale (Flakus et al. 2014) 
Myriostigma napoense (Kalb & Jonitz) Kukwa (Ertz et al. 2015) 
Myriostigma subcandidum (M.Cáceres & Lücking) Frisch & G.Thor (Ertz et al. 2015) 
Myriotrema laeviusculum (Nyl.) Hale (Flakus et al. 2016)
Nephroma helveticum Ach. (Nylander 1861; Kukwa et al. 2014; Flakus et al. 2016) 
Nigrovothelium tropicum (Ach.) Lücking et al. (Flakus et al. 2013 as T. tropicum, 2016) 
Normandina pulchella (Borrer) Nyl. (Feuerer et al. 1998; Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008; Flakus et al. 2011b, 2014) 
Novomicrothelia oleosa (Aptroot) Aptroot & Lücking (Flakus et al. 2016) 
Ocellularia viridis Hale (Flakus 2008)
Ochrolechia africana Vain. (Flakus & Kukwa 2012; Kukwa et al. 2013b; Flakus et al. 2014)
Ochrolechia austroamericana (Räsänen) Räsänen (Kukwa et al. 2013b; Flakus et al. 2014)
Ochrolechia parella (L.) A.Massal. (Nylander 1861)
Ochrolechia subpallescens Verseghy f. uruguayensis Verseghy (Kukwa et al. 2013b)
Ochrolechia upsaliensis (L.) A. Massal. (Kukwa et al. 2013b) 
Opegrapha astraea Tuck. (Ertz et al. 2015) 
Opegrapha filicina Mont. (Santesson 1952; Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013) 
Opegrapha puiggarii Müll.Arg. (Flakus & Lücking 2008) 
Opegrapha serusiauxii Lücking (Flakus 2013) 
Opegrapha subvulgata Nyl. (Ertz et al. 2015)
Oropogon atranorinus Essl. (Esslinger 1989; Sipman 1992)
Oropogon barbaticus Essl. (Esslinger 1989; Sipman 1992)
Oropogon bicolor Essl. (Esslinger 1989; Feuerer et al. 1998; Sipman 1992; Flakus & Wilk 2006)
Oropogon bolivianus Essl. (Esslinger 1989; Sipman 1992)
Oropogon diffractaicus Essl. (Esslinger 1989; Sipman 1992)
Oropogon granulosus Essl. (Esslinger 1989; Sipman 1992)
Oropogon herzogii Essl. (Esslinger 1989; Sipman 1992)
Oropogon loxensis (Fée) Th.Fr. (Nylander 1861; Herzog 1922, 1923; DuRietz 1926; Esslinger 1989; Sipman 1992)
Oropogon sperlingii Essl. (Esslinger 1989; Sipman 1992) 
Pallidogramme chrysenteron (Mont.) Staiger, Kalb & Lücking (Schiefelbein et al. 2014) 
Pannaria andina P.M. Jørg. & Sipman (Kukwa et al. 2014) 
Pannaria malmei C.W.Dodge (Feuerer & Sipman 2005) 
Pannaria mosenii C.W.Dodge (Kukwa et al. 2014)
Pannaria pholidota (Mont.) Nyl. (Nylander 1859) 
Pannaria prolificans Vain. (Kukwa et al. 2014) 
Pannaria rubiginella P.M.Jørg. & Sipman (Kukwa et al. 2014)
Pannaria rubiginosa (Ach.) Bory (Nylander 1861; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2012d; Kukwa et al. 2014)
Parasiphula complanata (Hook.f. & Taylor) Kantvilas & Grube (Feuerer et al. 1998; Feuerer & Sipman 2005)
Parmelia omphalodes (L.) Ach. (Nylander 1861) 
Parmelia warmingii Vain. (Flakus et al. 2015, 2016) 
Parmeliella concinna I.M.Lamb (Kukwa et al. 2014) 
Parmeliella isidiopannosa P. M. Jørg. (Flakus et al. 2016) 
Parmeliella mariana (Fr.) P.M.Jørg. & D.J.Galloway (Nylander 1859) 
Parmeliella miradorensis Vain. (Kukwa et al. 2014)
Parmeliella nigrocincta (Mont.) Müll.Arg. (Nylander 1859) 
Parmeliella pannosa (Sw.) Müll.Arg. (Kukwa et al. 2014)
Parmelinopsis afrorevoluta (Krog & Swinscow) Elix & Hale (Flakus et al. 2011b)
Parmelinopsis minarum (Vain.) Elix & Hale (Feuerer & Sipman 2005; Flakus et al. 2011b, 2012d)
Parmelinopsis neodamaziana (Elix & J.Johnst.) Elix & Hale (Elix & Jhonston 1986)
Parmotrema aberrans (Vain.) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2014, 2016; Etayo et al. 2015)
Parmotrema affluens (Hale) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2014)
Parmotrema andinum (Müll.Arg.) Hale (Hale 1965)
Parmotrema argentinum (Kremp.) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2016)
Parmotrema arnoldii (Du Rietz) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2014)
Parmotrema austrosinense (Zahlbr.) Hale (Kukwa et al. 2012b)
Parmotrema bangii (Vain.) Hale (Hale 1965; Feuerer et al. 1998; Lendemer & Hewitt 2002; Flakus et al. 2011b)
Parmotrema betaniae Hale (Flakus et al. 2012d, 2014)
Parmotrema brasiliense Hale (Kukwa et al. 2012b)
Parmotrema cetratum (Ach.) Hale (Rusby 1896; Herzog 1922; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2011b, 2012d, 2015, 2016) 
Parmotrema commensuratum (Hale) Hale (Flakus et al. 2014, 2016) 
Parmotrema conferendum Hale (Flakus et al. 2016) 
Parmotrema conformatum (Vain.) Hale (Flakus et al. 2014, 2016)
Parmotrema crinitum (Ach.) Choisy (Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2011b, 2012d, 2014)
Parmotrema cristatum (Nyl.) Hale (Kukwa et al. 2012b)
Parmotrema cristiferum (Taylor) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2016)
Parmotrema cristobalii (L.I.Ferraro & Elix) O.Blanco, A.Crespo, Divakar, Elix & Lumbsch (Ferraro & Elix 1993)
Parmotrema crocoides (Hale) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2015)
Parmotrema dilatatum (Vain.) Hale (Hale 1965; Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2014, 2016) 
Parmotrema disparile (Nyl.) Hale (Flakus et al. 2014, 2016)
Parmotrema eciliatum (Nyl.) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2016)
Parmotrema endosulphureum (Hillmann) Hale (Kukwa et al. 2012b) 
Parmotrema enteroxanthum Hale (Flakus et al. 2016)
Parmotrema erubescens (Stirt.) Krog & Swinscow (Kukwa et al. 2012b)
Parmotrema flavescens (Kremp.) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2016)
Parmotrema flavomedullosum Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2016)
Parmotrema gardneri (C.W. Dodge) Sérus. (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2014, 2016)
Parmotrema hawaiiense (H.Magn.) O.Blanco, A.Crespo, Divakar, Elix & Lumbsch (Feuerer et al. 1998)
Parmotrema internexum (Nyl.) Hale ex DePriest & B. W. Hale (Kukwa et al. 2012b) 
Parmotrema laciniellum (Ferraro & Elix) Blanco, Crespo, Divakar, Elix & Lumbsch (Flakus et al. 2016)
Parmotrema latissimum (Fée) Hale (Kukwa et al. 2012b)
Parmotrema leucosemothetum (Hue) Hale (Kukwa et al. 2012b) 
Parmotrema machupicchuense Kurok. (Flakus et al. 2014)
Parmotrema masonii L.I. Ferraro (Kukwa et al. 2012b)
Parmotrema mellissii (C.W. Dodge) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2015, 2016)
Parmotrema merrillii (Vain.) Hale (Hale 1965; Flakus et al. 2011b, 2012d, 2014) 
Parmotrema mesotropum (Müll.Arg.) Hale (Hale 1965; Flakus et al. 2012d, 2014, 2016)
Parmotrema mirandum (Hale) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2016) 
Parmotrema mordenii (Hale) Hale (Flakus et al. 2014, 2016)
Parmotrema neotropicum Kurok. (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2013, 2016)
Parmotrema nylanderi (Lynge) Hale (Kukwa et al. 2012b)
Parmotrema perlatum (Huds.) M.Choisy (Nylander 1859; Schmidt 1909; Herzog 1922; Flakus et al. 2011b, 2014)
Parmotrema permutatum (Stirt.) Hale (Kukwa et al. 2012b) 
Parmotrema pilosum (Stizenb.) Krog & Swinscow (Flakus et al. 2016) 
Parmotrema praesorediosum (Nyl.) Hale (Flakus et al. 2014)
Parmotrema rampoddense (Nyl.) Hale (Hale 1965; Flakus et al. 2011b, 2012d, 2016) 
Parmotrema recipiendum (Nyl.) Hale (Flakus et al. 2016)
Parmotrema reticulatum (Taylor) M.Choisy (Nylander 1859, 1861; Herzog 1922; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2011b, 2012d, 2014, 2016)
Parmotrema robustum (Degel.) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2014, 2016)
Parmotrema rubifaciens (Hale) Hale (Kukwa et al. 2012b) 
Parmotrema ruptum (Lynge) Hale ex DePriest & Hale (Flakus et al. 2016)
Parmotrema sancti-angeli (Lynge) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2016)
Parmotrema simulans (Hale) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2013, 2014)
Parmotrema sorediiferum Hale (Kukwa et al. 2012b)
Parmotrema soredioaliphaticum Estrabou & Adler (Kukwa et al. 2012b)
Parmotrema subarnoldii (Abbayes) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2016)
Parmotrema subisidiosum (Müll. Arg.) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2016) 
Parmotrema submarginale (Michx.) DePriest & B. W. Hale (Flakus et al. 2014)
Parmotrema subochraceum Hale (Flakus et al. 2013)
Parmotrema subrugatum (Kremp.) Hale (Nylander 1885) 
Parmotrema subsumptum (Nyl.) Hale (Kukwa et al. 2012b)
Parmotrema tinctorum (Despr. ex Nyl.) Hale (Kukwa et al. 2012b; Flakus et al. 2014, 2016)
Parmotrema ultralucens (Krog) Hale (Flakus et al. 2012d; Etayo et al. 2015) 
Parmotrema viridiflavum (Hale) Hale (Flakus et al. 2014) 
Parmotrema wainioi (A. L. Sm.) Hale (Flakus et al. 2014)
Parmotrema wrightii L.I.Ferraro & Elix (Kukwa et al. 2012b) 
Parmotrema yodae (Kurok.) Hale (Flakus et al. 2014)
Parmotremopsis antillensis (Vain.) Hale (Flakus et al. 2011b)
Peltigera andensis Vitik. (Vitikainen 1995; Vitikainen 1998; Kukwa et al. 2014)
Peltigera austroamericana Zahlbr. (Feuerer et al. 1998; Kukwa et al. 2014)
Peltigera boliviensis Gyeln. (Vitikainen 1998)
Peltigera canina (L.) Willd. (Rusby 1895; Feuerer et al. 1998; Kukwa et al. 2014)
Peltigera collina (Ach.) Röhl. (Feuerer et al. 1998)
Peltigera didactyla (With.) J.R.Laundon (Feuerer et al. 1998; Feuerer & Sipman 2005; Quilhot et al. 2007)
Peltigera dolichorrhiza (Nyl.) Nyl. (Herzog 1922; Kukwa et al. 2014; Flakus et al. 2016)
Peltigera fibrilloides (Gyeln.) Vitik. (Feuerer & Sipman 2005; Flakus et al. 2016)
Peltigera friesiorum Gyeln. (Gyelnik 1930; Vitikainen 1998; Kukwa et al. 2014) 
Peltigera laciniata (G.Merr.) Gyeln. (Gyelnik 1930; Vitikainen 1994; Feuerer et al. 1998; Kukwa et al. 2014; Flakus et al. 2016)
Peltigera membranacea (Ach.) Nyl. (Nylander 1861; Rusby 1896) 
Peltigera microdactyla Nyl. (Kukwa et al. 2014) 
Peltigera polydactylon (Neck.) Hoffm. (Kukwa et al. 2014)
Peltigera praetextata (Flörke ex Sommerf.) Vain. (Feuerer & Sipman 2005) 
Peltigera pulverulenta (Taylor) Nyl. (Kukwa et al. 2014)
Peltigera rufescens (Weiss) Humb. (Nylander 1859, 1861; Rusby 1896; Feuerer et al. 1998; Kukwa et al. 2014; Flakus et al. 2016)
Peltigera soredians Vitik. (Feuerer & Sipman 2005)
Peltigera spuriella Vain. (Feuerer et al. 1998; Kukwa et al. 2014)
Peltigera ulcerata Müll.Arg. (Feuerer et al. 1998; Kukwa et al. 2014; Flakus et al. 2016)
Pertusaria acromelana Müll.Arg. (Feuerer & Sipman 2005)
Pertusaria leioplaca DC. (Nylander 1861)
Pertusaria pustulata (Ach.) Duby (Nylander 1859)
Phaeographis  brasiliensis (A.Massal.) Kalb & Matthes-Leicht (Kukwa et al. 2013a)
Phaeographis caesiodisca Staiger (Kukwa et al. 2013a)
Phaeographis delicatula Common & Lücking (Kukwa et al. 2013a)
Phaeographis dendritica (Ach.) Müll. Arg. (Flakus et al. 2013; Kukwa et al. 2013a)
Phaeographis dendroides (Leight.) Müll. Arg. (Flakus et al. 2013; Kukwa et al. 2013a)
Phaeographis flavescens Dal Forno & Eliasaro (Kukwa et al. 2013a)
Phaeographis haematites (Fée) Müll.Arg. (Flakus 2008)
Phaeographis intricans (Nyl.) Staiger (Kukwa et al. 2013a)
Phaeographis leprieurii (Mont.) Staiger (Kukwa et al. 2013a; Schiefelbein et al. 2014)
Phaeographis lindigiana Müll.Arg. (Kukwa et al. 2013a)
Phaeographis neotricosa Redinger (Kukwa et al. 2013a)
Phaeographis quadrifera (Nyl.) Staiger (Kukwa et al. 2013a)
Phaeographis scalpturata (Ach.) Staiger (Nylander 1859; Flakus et al. 2013; Schiefelbein et al. 2014) 
Phaeographis tortuosa (Ach.) Müll. Arg. (Schiefelbein et al. 2014)
Phaeographopsis neotropica Kalb (Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008)
Phaeophyscia adiastola (Essl.) Essl. (Canseco et al. 2006; Flakus et al. 2013)
Phaeophyscia endococcina (Körb.) Moberg (Feuerer & Sipman 2005; Flakus et al. 2012d)
Phaeophyscia endococcinodes (Poelt) Essl. (Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2013)
Phaeophyscia hispidula (Ach.) Essl. (Flakus et al. 2013, 2016)
Phaeophyscia sciastra (Ach.) Moberg (Nylander 1861; Flakus et al. 2013)
Phlyctella andensis (Nyl.) Nyl. (Flakus et al. 2013)
Phlyctis boliviensis Nyl. (Nylander 1859)
Phyllobaeis erythrella (Mont.) Kalb (Flakus et al. 2012d, 2015)
Phyllobaeis imbricata (Hook.) Kalb & Gierl (Nylander 1861; Rusby 1895; Herzog 1922; Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008; Flakus et al. 2012d, 2015, 2016)
Phyllobathelium firmum (Stirt.) Vězda (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Phyllobathelium leguminosae (Cavalc. & A.A.Silva) Lücking & Sérus. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Phyllobathelium thaxteri (Vain.) Zahlbr. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Phylloblastia bielczykiae Flakus & Lücking (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Phylloblastia excavata P. M. McCarthy (Flakus 2013)
Phyllogyalidea epiphylla (Vězda) Lücking & Aptroot (Flakus 2013)
Phyllopsora  corallina (Eschw.) Müll. Arg. (Flakus et al. 2013)
Phyllopsora furfuracea Zahlbr. (Flakus et al. 2013)
Phyllopsora isidiotyla (Vain.) Riddle (Flakus et al. 2013)
Phyllopsora kalbii Brako (Flakus et al. 2013)
Phyllopsora ochroxantha (Nyl.) Zahlbr. (Nylander 1859; Schneider 1979; Swinscow & Krog 1981; Brako 1991; Timdal 2008)
Phyllopsora parvifolia (Pers.) Müll. Arg. (Flakus et al. 2013)
Physcia atrostriata Moberg (Flakus et al. 2013)
Physcia biziana (A.Massal.) Zahlbr. (Feuerer & Sipman 2005; Flakus et al. 2014)
Physcia pachyphylla Müll. Arg. (Flakus et al. 2013)
Physcia poncinsii Hue (Flakus et al. 2013)
Physcia sorediosa (Vain.) Lynge (Flakus et al. 2013)
Physcia stellaris (L.) Nyl. (Nylander 1859)
Physcia undulata Moberg (Moberg 1990; Canseco et al. 2006; Flakus et al. 2015)
Physcidia matogrossensis Kalb & Elix (Flakus et al. 2013)
Physciella chloantha (Ach.) Essl. (Canseco et al. 2006)
Physconia muscigena (Ach.) Poelt (Flakus et al. 2012d)
Piccolia conspersa (Fée) Hafellner (Nylander 1859; Wilk 2010; Flakus et al. 2012d, 2015)
Placidium andicola (Breuss) Breuss (Breuss 1993; Feuerer & Sipman 2005)
Placidium lacinulatum (Ach.) Breuss (Flakus et al. 2013)
Placidium pilosellum (Breuss) Breuss (Feuerer & Sipman 2005)
Placidium squamulosum (Ach.) Breuss (Feuerer & Sipman 2005)
Placidium squamulosum (Ach.) Breuss var. squamulosum (Breuss 1993)
Placidium squamulosum var. argentinum (Räsänen) Breuss (Flakus & Wilk 2006)
Placomaronea candelarioides Räsänen (Westberg et al. 2009; Flakus et al. 2015)
Placopsis fusciduloides D.J.Galloway (Galloway 2005, 2010)
Placopsis gelida (L.) Linds. (Nylander 1861)
Placopsis lambii Hertel & V.Wirth (Galloway 2007)
Placopsis rhodocarpa (Nyl.) Nyl. (Nylander 1861; Lamb 1947; Galloway 2002, 2005, 2010; Flakus et al. 2012d)
Placynthiella dasaea (Stirt.) Tønsberg (Flakus & Kukwa 2012)
Placynthiella icmalea (Ach.) Coppins & P.James (Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008; Flakus & Kukwa 2014)
Placynthiella uliginosa (Schrad.) Coppins & P.James (Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008)
Platygramme caesiopruinosa (Fée) Fée (Flakus et al. 2013, 2016; Kukwa et al. 2013a) 
Platygramme pachyspora (Redinger) Staiger (Schiefelbein et al. 2014)
Platythecium inspersum Staiger (Kukwa et al. 2013a) 
Platythecium serpentinellum (Nyl.) Staiger (Schiefelbein et al. 2014)
Pleopsidium chlorophanum (Wahlenb.) Zopf (Nylander 1861; Flakus et al. 2016) 
Polycauliona candelaria (L.) Frödén, Arup & Søchting (Nylander 1861)
Polymeridium albidum (Müll. Arg.) R.C. Harris (Flakus et al. 2013, 2016) 
Polymeridium albopruinosum (Makhija & Patwardhan) Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Polymeridium catapastrum (Nyl.) R. C. Harris (Flakus et al. 2016) 
Polymeridium inspersum Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Polymeridium multiforme Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Polymeridium quinqueseptatum (Nyl.) R. C. Harris (Flakus et al. 2016) 
Polymeridium subcinereum (Nyl.) R. C. Harris (Flakus et al. 2013, 2016) 
Polymeridium subvirescens (Leighton) Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Polymeridium xanthoexcentricum Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016)
Polysporina urceolata (Anzi) Brodo (Knudsen et. al. 2012)
Porina alba (R.Sant.) Lücking (Santesson 1952; Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina atriceps (Vain.) Vain. (Flakus 2013)
Porina atrocoerulea Müll.Arg. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina barbifera Lücking (Flakus 2013)
Porina barvica Lücking (Ferraro 2002; Lücking 2008)
Porina boliviana Flakus & Lücking (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina conica R. Sant. (Flakus 2013)
Porina conspersa Malme (Flakus 2013)
Porina cubana Vězda (Ferraro 2002; Lücking 2008; incl. f. cubana)
Porina distans Vězda & Vivant
Porina epiphylla (Fée) Fée (Santesson 1952; Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina fulvella Müll. Arg. (Flakus 2013)
Porina fusca Lücking (Flakus 2013)
Porina haehndelii Henssen & Lücking (Ferraro 2002; Lücking 2008)
Porina karnatakensis Makhija, Adawadkar & Patw. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina leptalea (Durieu & Mont.) A.L.Sm. (Flakus 2008)
Porina lucida R. Sant. (Flakus 2013)
Porina mastoidea (Ach.) Müll.Arg. (Flakus 2008)
Porina nitidula Müll.Arg. (Ferraro 2002; Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina papillifera (Stirt.) F.Schill. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina pseudoapplanata Lücking & Cáceres (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina radiata Kalb, Lücking & Vězda (Flakus 2013)
Porina rubentior (Stirt.) Müll.Arg. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina rubescens (Lücking) Hafellner & Kalb (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina rufula (Kremp.) Vain. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina subepiphylla Lücking & Vězda (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina subinterstes (Nyl.) Müll. Arg. (Flakus 2013)
Porina subnucula Lücking & Vězda (Flakus 2013)
Porina subpallescens Vězda (Flakus 2013)
Porina tetracerae (Afzel. ex Ach.) Müll. Arg. (Flakus 2013; Flakus et al. 2013)
Porina tetramera (Malme) R.Sant. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Porina trichothelioides Sérus. & Vězda (Ferraro 2002)
Protoblastenia incrustans (DC.) J.Steiner (Feuerer et al. 1998) 
Protoparmelia multifera (Nyl.) Kantvilas, Papong & Lumbsch (Flakus et al. 2014) 
Protoparmeliopsis muralis (Schreb.) M.Choisy (Śliwa et al. 2014 as L. muralis)
Pseudephebe minuscula (Arnold) Brodo & D.Hawksw. (Feuerer & Sipman 2005)
Pseudephebe pubescens (L.) M.Choisy (Feuerer & Sipman 2005; Flakus & Wilk 2006; Flakus et al. 2011b, 2016)
Pseudevernia furfuracea (L.) Zopf (Hale 1968)
Pseudocyphellaria arvidssonii D.J.Galloway (Galloway 1989; Galloway & Arvidsson 1990; Kukwa et al. 2014)
Pseudocyphellaria clathrata (De Not.) Malme (Flakus et al. 2012d; Kukwa et al. 2014)
Pseudocyphellaria crocata (L.) Vain. (Feuerer et al. 1998; Kukwa et al. 2014)
Pseudocyphellaria gilva (Ach.) Malme (Herzog 1922) 
Pseudoparmelia cubensis (Nyl.) Elix & T. H. Nash (Flakus et al. 2012d)
Pseudoparmelia hypomilta (L.) M. Choisy (Flakus et al. 2011b) 
Pseudopyrenula dubia Vain. (Flakus et al. 2016) 
Pseudopyrenula diluta (Fée) Müll. Arg. (Flakus et al. 2016) 
Pseudopyrenula flavoreagens Aptroot & M. Cáceres (Flakus et al. 2016) 
Pseudopyrenula flavosuperans Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Pseudopyrenula subgregaria Müll. Arg. (Flakus et al. 2016) 
Pseudopyrenula subnudata Müll. Arg. (Flakus et al. 2013, 2016) 
Psilolechia clavulifera (Nyl.) Coppins (Flakus et al. 2006)
Psilolechia lucida (Ach.) M.Choisy (Flakus et al. 2006)
Psiloparmelia  arhizinosa Hale (Flakus et al. 2013)
Psiloparmelia dichotoma Elix & T. H. Nash (Flakus et al. 2013)
Psiloparmelia diffractaica Elix & T. H. Nash (Flakus et al. 2013)
Psiloparmelia distincta (Nyl.) Hale (Nylander 1861; Hale 1989; Elix & Nash 1992; Feuerer et al. 1998; Thell et al. 2004; Thell et al. 2006; Flakus et al. 2015, 2016)
Psiloparmelia flavobrunnea (Müll.Arg.) Elix & Nash (Elix & Nash 1992; Flakus et al. 2013, 2016)
Psiloparmelia hypostictica Elix & T.H.Nash (Elix & Nash 1992)
Psiloparmelia norstictica Elix & T. H. Nash (Flakus et al. 2013)
Psiloparmelia peruviensis (Hale) Feuerer (Hale 1990; Feuerer et al. 1998; Thell et al. 2006)
Psiloparmelia sorediosa Elix & T. H. Nash (Flakus et al. 2013)
Psiloparmelia subcrustosa Elix & T. H. Nash (Flakus et al. 2013)
Psora icterica (Mont.) Müll.Arg. (Nylander 1861; Herzog 1922; Feuerer et al. 1998; Flakus & Wilk 2006)
Psoroglaena epiphylla Lücking (Flakus 2013)
Punctelia borreri (Sm.) Krog (Nylander 1861; Flakus et al. 2011b) 
Punctelia constantimontium Sérus. (Flakus et al. 2012d)
Punctelia hypoleucites (Nyl.) Krog (Flakus et al. 2011b, 2012d)
Punctelia lorentzii (Kremp.) Krog (Feuerer et al. 1998) 
Punctelia reddenda (Stirt.) Krog (Flakus et al. 2011b, 2012d)
Punctelia stictica (Delise ex Duby) Krog (Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2011b, 2012d; 2015)
Punctelia subpraesignis (Nyl.) Krog (Feuerer et al. 1998)
Punctelia subrudecta (Nyl.) Krog (Canseco et al. 2006)
Pyrenula  aggregata (Fée) Fée (Flakus et al. 2013)
Pyrenula anomala (Ach.) Vain. (Flakus et al. 2013)
Pyrenula dermatodes (Borrer) Schaer. (Flakus et al. 2012d)
Pyrenula laetior Müll. Arg. (Flakus et al. 2013)
Pyrenula leucostoma Ach. (Malme 1928)
Pyrenula mamillana (Ach.) Trevis. (Flakus et al. 2013)
Pyrenula mastophoroides (Nyl.) Zahlbr. (Flakus et al. 2013)
Pyrenula septicollaris (Eschw.) R. C. Harris (Flakus et al. 2013)
Pyxine berteriana (Fée) Imshaug (Lynge 1925)
Pyxine physciiformis (Malme) Imshaug (Flakus et al. 2013) 
Pyxine pungens Zahlbr. (Flakus et al. 2016)
Pyxine sorediata (Ach.) Mont. (Rogers 1986) 
Ramalina asahinae W.L.Culb. & C.F.Culb. (Feuerer & Sipman 2005; Flakus et al. 2015) 
Ramalina aspera Räsänen (Flakus et al. 2015)
Ramalina calcarata Krog & Swinscow (Flakus et al. 2013)
Ramalina calicaris (L.) Röhl. (Nylander 1859, 1860) 
Ramalina canaguensis V. Marcano & A. Morales (Flakus et al. 2015)
Ramalina celastri (Spreng.) Krog & Swinscow (Nylander 1859, 1861; Herzog 1923, 1922; Feuerer & Sipman 2005; Flakus 2008; Flakus et al. 2012d, 2014, 2015)
Ramalina cochlearis Zahlbr. (Flakus et al. 2013, 2015) 
Ramalina disparata Krog & Swinscow (Flakus et al. 2015) 
Ramalina grumosa Kashiw. (Flakus et al. 2015)
Ramalina inanis Mont. (Nylander 1859, 1870) 
Ramalina incana Kashiw. (Flakus et al. 2015)
Ramalina inflata (Hook.f. & Taylor) Hook.f. & Taylor (Herzog 1922)
Ramalina peruviana Ach. (Feuerer 2010; Flakus et al. 2013, 2015) 
Ramalina puiggarii Müll. Arg. (Flakus et al. 2015)
Ramalina reducta Krog & Swinscow (Flakus et al. 2013)
Ramalina sorediantha Nyl. (Herzog 1922) 
Ramalina usnea (L.) Howe (Flakus et al. 2015)
Ramboldia haematites (Fée) Kalb, Lumbsch & Elix (Flakus et al. 2014) 
Ramboldia russula (Ach.) Kalb, Lumbsch & Elix (Nylander 1859; Kalb et al. 2008; Flakus et al. 2012d, 2016) 
Ramonia valenzueliana (Mont.) Stizenb. (Flakus et al. 2015) 
Reimnitzia santensis (Tuck.) Kalb (Schiefelbein et al. 2014; Flakus et al. 2016)
Relicina abstrusa (Vain.) Hale (Flakus et al. 2011b, 2012d, 2015)
Remototrachyna aguirrei (Sipman, Elix & T.H.Nash) Flakus, Kukwa & Sipman (Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b, 2012c)
Remototrachyna consimilis (Vain.) Flakus, Kukwa & Sipman (Flakus et al. 2012c)
Remototrachyna costaricensis (Nyl.) Divacar & A.Crespo (Hale 1975; Sipman et al. 2009; Flakus et al. 2011b, 2012d, 2015)
Remototrachyna singularis (Hale) Flakus, Kukwa & Sipman (Flakus et al. 2012c)
Remototrachyna sipmaniana Kukwa & Flakus (Flakus et al. 2012c, 2015)
Rhabdodiscus reconditus (Stirt.) Rivas Plata, Lücking & Lumbsch (Kukwa et al. 2013a)
Rhizocarpon alpicola (Wahlenb.) Rabenh. (Nylander 1861; Feuerer et al. 1998)
Rhizocarpon carpaticum Runem. (Feuerer et al. 1998)
Rhizocarpon disporum (Nägeli ex Hepp) Müll.Arg. (Feuerer 1991; Feuerer et al. 1998; Feuerer & Timdal 2004)
Rhizocarpon effiguratum (Anzi) Th.Fr. (Feuerer et al. 1998)
Rhizocarpon eupetraeum (Nyl.) Arnold (Feuerer 1991)
Rhizocarpon geminatum Körb. (Feuerer 1991; Feuerer et al. 1998)
Rhizocarpon geographicum (L.) DC. (Nylander 1861; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2012d)
Rhizocarpon norvegicum Räsänen (Feuerer et al. 1998)
Rhizocarpon petraeum (Wulfen) A.Massal. (Nylander 1861)
Rhizocarpon pulverulentum (Schaer.) Räsänen (Feuerer et al. 1998)
Rhizocarpon pusillum Runem. (Geyer et al. 1984; Feuerer et al. 1998)
Rhizocarpon simillimum (Anzi) Lettau (Feuerer et al. 1998)
Rhizocarpon superficiale (Schaer.) Vain. (Runemark 1956; Feuerer et al. 1998; Flakus & Wilk 2006; Flakus & Kukwa 2009) 
Ricasolia patinifera (Taylor) Müll.Arg. (Kukwa et al. 2014)
Rinodina conradii Körb. (Mayrhofer et al. 2001; Flakus et al. 2012d)
Rinodina oleae Bagl. (Nylander 1861)
Ropalospora viridis (Tønsberg) Tønsberg (Feuerer et al. 1998)
Rusavskia elegans (Link) S.Y.Kondr. & Kärnefelt (Nylander 1861; Hasselroth 1953; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2012d) 
Sagenidiopsis isidiata G.Thor, Elix, Lücking & Sipman (Ertz et al. 2015) 
Sagenidiopsis undulata (Fée) Egea, Tehler, Torrente & Sipman (Ertz et al. 2015) 
Sarcographa cinchonarum Fée (Flakus & Wilk 2006)
Sarcographa medusulina (Nyl.) Müll.Arg. (Kukwa et al. 2013a)
Sarcogyne regularis Körb. (Feuerer & Sipman 2005) 
Sarcogyne brunnea K.Knudsen & Flakus (Knudsen et al. 2012)
Schistophoron tenue Stirt. (Kukwa et al. 2013a)
Siphula decumbens Nyl. (Nylander 1861)
Siphula fastigiata (Nyl.) Nyl. (Kantvilas 1998; Flakus et al. 2014, 2015)
Siphula implicata Kantvilas & Elix (Feuerer & Sipman 2005) 
Siphula pteruloides Nyl. (Flakus et al. 2016)
Sipmaniella sulphureofusca (Fée) Kalb (Flakus et al. 2013) 
Solorina spongiosa (Ach.) Anzi (Flakus et al. 2014)
Sporastatia testudinea (Ach.) A.Massal. (Hertel 1971; Geyer et al. 1984; Feuerer et al. 1998)
Sporopodium antonianum Elix, Lumbsch & Lücking (Flakus 2013)
Sporopodium aurantiacum (Müll. Arg.) Lücking (Flakus 2013)
Sporopodium leprieurii Mont. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Stereocaulon alpestre (Flot.) Dombr. (Herzog 1922; Flakus et al. 2015)
Stereocaulon atlanticum (I.M.Lamb) I.M.Lamb (Lamb 1977; Sipman 1992, 2002) 
Stereocaulon crambidiocephalum I.M. Lamb (Oset & Kukwa 2012)
Stereocaulon claviceps Th.Fr. (Nylander 1859; Sipman 1992, 2002)
Stereocaulon didymicum I. M. Lamb (Flakus et al. 2013)
Stereocaulon glareosum (Sav.) H.Magn. (Sipman 1992, 2002; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2011b, 2015)
Stereocaulon meyeri B.Stein. (Lamb 1977; Feuerer et al. 1998; Sipman 2002; Flakus et al. 2012d, 2015; Oset & Kukwa 2012)
Stereocaulon meyeri var. farinosum (Th.Fr.) I.M.Lamb (Lamb 1977) 
Stereocaulon microcarpum Müll.Arg.(Lamb 1977; Sipman 2002; Flakus et al. 2011b, 2012d)
Stereocaulon myriocarpum Th.Fr. (Flakus et al. 2012d, 2015)
Stereocaulon pachycephalum Vain. (Flakus et al. 2012d; Oset & Kukwa 2012)
Stereocaulon pileatum Ach. (Feuerer & Sipman 2005)
Stereocaulon pityryzans Nyl. (Sipman 2002; Flakus et al. 2011b, 2012d, 2015)
Stereocaulon pomiferum P.A.Duvign. (Flakus et al. 2012d; Oset & Kukwa 2012)
Stereocaulon ramulosum (Sw.) Räusch (Nylander 1859; Herzog 1922; Dodge 1919; Lamb 1977; Sipman 1992, 2002; Anze 1996; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2011b, 2012d, 2015, 2016)
Stereocaulon ramulosum var. exalbidum (Nyl.) I.M.Lamb (Lamb 1977)
Stereocaulon ramulosum var. macrocarpum (Rich.) Bab. (Nylander 1861; Krempelhuber 1868)
Stereocaulon ramulosum var. tomentosum I.M.Lamb (Lamb 1997)
Stereocaulon strictum Th.Fr. (Lamb 1977; Sipman 1992, 2002; Flakus et al. 2011b, 2012d, 2015)
Stereocaulon strictum var. compressum (Nyl.) I.M.Lamb (Feuerer et al. 1998)
Stereocaulon tomentosum Fr. (Lamb 1977; Sipman 1992, 2002; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2011b, 2016)
Stereocaulon vesuvianum Pers. (Sipman 2002; Feuerer & Sipman 2005; Flakus et al. 2011b, 2012d, 2015, 2016)
Stereocaulon vesuvianum var. efflorescens (Räs.) I.M.Lamb (Lamb 1977)
Stereocaulon vesuvianum var. nodulosum (Wallr.) I.M.Lamb (Lamb 1977)
Stereocaulon virgatum Nyl. (Rusby 1895)
Sticta corrosa (Ach.) Müll.Arg. (Rusby 1896)
Sticta damicornis (Sw.) Ach. (Nylander 1859; Herzog 1922)
Sticta fuliginosa (Dicks.) Ach. (Nylander 1861)
Sticta isidiokunthii Moncada & Lücking (Moncada & Lücking 2012)
Sticta kunthii Hook (Herzog 1922)
Sticta laciniata (Sw.) Ach. (Herzog 1922, 1923)
Sticta sinuosa Pers. (Nylander 1859)
Sticta sinuosa var. macrophylla (Bab.) Müll.Arg. (Nylander 1859)
Sticta tomentosa (Sw.) Ach. (Nylander 1859, 1860; Herzog 1922)
Sticta tomentosa var. dilatata (Nyl.) Hue (Nylander 1861; Herzog 1922)
Sticta umbilicariiformis Hochst. ex Flot. (Nylander 1861)
Sticta weigelii (Ach.) Vain. (Herzog 1922, 1923; Feuerer et al. 1998)
Stigmatochroma epimarta (Nyl.) Marbach (Marbach 2000) 
Stigmatochroma metaleptodes (Nyl.) Marbach (Flakus et al. 2014)
Strigula antillarum (Fée) Müll.Arg. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Strigula elegans (Fée) Müll.Arg. (Santesson 1952; Ferraro 2002)
Strigula janeirensis (Müll. Arg.) Lücking (Flakus 2013)
Strigula macrocarpa Vain. (Flakus 2013)
Strigula maculata (Cooke & Massee) R. Sant. (Flakus 2013)
Strigula minuta Lücking (Flakus 2013)
Strigula nemathora Mont. [Santesson 1952; Lücking 2008; Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013; incl. f. nemathora Mont. and f. hypothelia (Nyl.) Lücking]
Strigula nigrocarpa Lücking (Flakus 2013)
Strigula nitidula Mont. (Santesson 1952; Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Strigula obducta (Müll. Arg.) R. C. Harris (Flakus 2013)
Strigula orbicularis Fr. (Flakus & Lücking 2008)
Strigula phyllogena (Müll. Arg.) R. C. Harris (Flakus 2013)
Strigula platypoda (Müll. Arg.) R. C. Harris (Flakus 2013)
Strigula prasina Müll. Arg. (Flakus 2013)
Strigula schizospora R.Sant. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Strigula smaragdula Fr. (Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Strigula subtilissima (Fée) Müll.Arg. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013) 
Strigula vulgaris (Müll. Arg.) Lücking (Flakus 2013) 
Syncesia farinacea (Fée) Tehler (Ertz et al. 2015) 
Syncesia rhizomorpha Tehler (Ertz et al. 2015)
Szczawinskia tsugae A. Funk (Flakus et al. 2013) 
Tapellaria intermedia Flakus & Lücking (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Tapellaria nigrata (Müll.Arg.) R.Sant. (Santesson 1952; Nowak & Winkler 2000)
Teloschistes chrysophthalmus (L.) Beltr. (Nylander 1859, 1861; Rusby 1895; Rusby 1896; Herzog 1922; Lynge 1925; Canseco et al. 2006)
Teloschistes exilis (Michx.) Vain. (Lynge 1925; Malme 1926; Flakus et al. 2012d, 2015)
Teloschistes flavicans (Sw.) Norman (Nylander 1859, 1861; Rusby 1896; Lynge 1925; Feuerer et al. 1998; Søchting & Fröden 2002; Flakus et al. 2012d, 2015, 2016) 
Teloschistes hosseusianus Gyeln. (Almborn 1992; Feuerer et al. 1998; Søchting & Fröden 2002)
Teloschistes hypoglaucus (Nyl.) Zahlbr. (Nylander 1860, 1861; Malme 1926; Frödén & Kärnefelt 2007; Flakus et al. 2015)
Teloschistes nodulifer (Nyl.) Hillmann (Feuerer et al. 1998)
Tephromela atra (Huds.) Hafellner (Nylander 1861; Flakus 2008; Flakus et al. 2012d)
Tetramelas thiopolizus (Nyl.) Giralt & P. Clerc (Flakus et al. 2013)
Thalloloma astroideum (Müll.Arg.) Staiger (Kukwa et al. 2013a)
Thalloloma cinnabarinum (Fée) Staiger (Kukwa et al. 2013a)
Thamnolia papelillo R.Sant. (Santesson 2004; Flakus 2008; Flakus et al. 2012d, 2015, 2016)
Thamnolia vermicularis (Sw.) Schaer. (Nylander 1861; Herzog 1923; Menhofer 1992; Feuerer et al. 1998; Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008; Flakus et al. 2012d, 2014, 2016)
Thelenella luridella (Nyl.) H.Mayrhofer (Nylander 1859; Mayrhofer 1987) 
Thelocarpon andicola Flakus & Kukwa (Flakus & Kukwa 2014; Flakus et al. 2016) 
Thelocarpon laureri (Flot.) Nyl. (Flakus et al. 2016) 
Toninia auriculata Timdal (Nylander 1859)
Toninia bullata (Meyen & Flot.) Zahlbr. (Flakus et al. 2013)
Toninia cinereovirens (Schaer.) A. Massal. (Flakus et al. 2013)
Toninia hosseusiana Gyeln. (Flakus & Wilk 2006; Flakus et al. 2012d, 2015)
Toninia tristis subsp. asiae-centralis (H.Magn.) Timdal (Flakus & Wilk 2006)
Trapelia coarctata (Turner ex Sm.) M.Choisy (Flakus et al. 2012d)
Trapeliopsis flexuosa (Fr.) Coppins & P.James (Flakus & Wilk 2006; Flakus 2008; Flakus et al. 2015)
Trapeliopsis granulosa (Hoffm.) Lumbsch (Flakus et al. 2006)
Tremolecia atrata (Ach.) Hertel (Flakus 2008)
Tricharia carnea (Müll.Arg.) R.Sant. (Ferraro 2002; Flakus & Lücking 2008)
Tricharia longispora Kalb & Vězda (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Tricharia urceolata (Müll.Arg.) R.Sant. (Santesson 1952; Ferraro 2002)
Tricharia vainioi R.Sant. (Ferraro 2002; Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Trichothelium africanum Lücking (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Trichothelium alboatrum Vain. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Trichothelium annulatum (Karst.) R.Sant. (Santesson 1952; Lücking 2008; Flakus 2013)
Trichothelium argenteum Lücking & L.I.Ferraro (Flakus & Lücking 2008; Farkas 2010; Flakus 2013)
Trichothelium bipindense F. Schill. (Flakus 2013)
Trichothelium caudatum Lücking (Flakus et al. 2013)
Trichothelium epiphyllum Müll.Arg. (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Trichothelium horridulum (Müll. Arg.) R. Sant. (Flakus et al. 2013)
Trichothelium intermedium Lücking (Flakus 2013)
Trichothelium juruense (P. Henn.) F. Schill. (Flakus 2013)
Trichothelium minus Vain. (Flakus 2013)
Trichothelium minutum (Lücking) Lücking (Flakus 2013)
Trichothelium pallescens (Müll. Arg.) F. Schill. (Flakus 2013)
Trichothelium porinoides Vězda (Flakus 2013)
Trichothelium sipmanii Lücking (Flakus & Lücking 2008; Lücking 2008; Flakus 2013)
Trichothelium subargenteum Flakus & Lücking (Flakus & Lücking 2008; Flakus 2013)
Trichothelium ulei (Henn.) Höhn. (Flakus 2013)
Trinathotrema  lumbricoides (Sipman) Sipman & Aptroot (Flakus et al. 2013)
Trinathotrema stictideum (Nyl.) Lücking, R. Miranda & Kalb (Lücking et al. 2011)
Trypethelium astroideum Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Trypethelium eluteriae Spreng. (Flakus et al. 2013; Flakus et al. 2016)
Trypethelium platystomum Mont. (Harris 1995; Flakus et al. 2016) 
Trypethelium xanthoplatystomum Flakus & Aptroot (Flakus et al. 2016) 
Tylophorella pyrenocarpoides (Müll.Arg.) Egea (Ertz et al. 2015)
Tylophoron crassiusculum Tibell (Flakus 2008; Ertz et al. 2015) 
Tylophoron hibernicum (D. Hawksw., Coppins & P. James) Ertz, Diederich, Bungartz & Tibell (Ertz et al. 2015)
Tylophoron protrudens Nyl. (Flakus et al. 2012d; Ertz et al. 2015) 
Umbilicaria africana (Jatta) Krog & Swinscow (Hestmark 2009; Krzewicka & Flakus 2010)
Umbilicaria aprina Nyl. (Hestmark 2009; Krzewicka & Flakus 2010)
Umbilicaria calvescens Nyl. (Nylander 1860, 1861; Frey 1936; Hestmark 2009; Krzewicka & Flakus 2010) 
Umbilicaria cinereorufescens (Schaer.) Frey (Hestmark 2009; Flakus et al. 2012d, 2015)
Umbilicaria decussata (Vill.) Zahlbr. (Hestmark 2009; Krzewicka 2010; Krzewicka & Flakus 2010; Flakus et al. 2015)
Umbilicaria dendrophora (Poelt) Hestmark (Hestmark 2009; Krzewicka & Flakus 2010)
Umbilicaria dichroa Nyl. (Nylander 1859) 
Umbilicaria freyi Codogno (Krzewicka & Flakus 2010)
Umbilicaria haplocarpa Nyl. (Nylander 1860, 1861; Frey 1936; Almborn 1987; Kärnefelt 1990; Hestmark 2009; Krzewicka & Flakus 2010; Flakus et al. 2015) 
Umbilicaria hirsuta (Sw. ex Westr) Hoffm. (Krzewicka & Flakus 2010) 
Umbilicaria indica Frey (Krzewicka & Flakus 2010)
Umbilicaria isidiosa Krzewicka (Krzewicka & Wilk 2009)
Umbilicaria krempelhuberi Müll.Arg. (Feuerer et al. 1998; Krzewicka & Flakus 2010)
Umbilicaria leprosa (Zahlbr.) Frey (Hestmark 2009; Krzewicka & Flakus 2010; Flakus et al. 2015)
Umbilicaria nylanderiana (Zahlbr.) H.Magn. (Sancho et al. 1992; Hestmark 2009; Krzewicka & Flakus 2010)
Umbilicaria polyphylla (L.) Baumg. (Nylander 1859; Frey 1936; Hestmark 2009; Flakus et al. 2015)
Umbilicaria rhizinata (Frey & Poelt) Krzewicka (Krzewicka 2010; Krzewicka & Flakus 2010) 
Umbilicaria soralifera (Frey) Krog & Swinscow (Krzewicka & Flakus 2010) 
Umbilicaria subcalvescens Sipman (Krzewicka & Flakus 2010)
Umbilicaria vellea (L.) Ach. (Hestmark 2009)
Usnea acanthella (Lamb) Walker (Walker 1985)
Usnea alata Motyka (Herre 1960; Truong et al. 2013)
Usnea amabilis Motyka (Motyka 1936; Truong et al. 2013)
Usnea amaliae Motyka (Motyka 1936)
Usnea amblyoclada (Müll.Arg.) Zahlbr. (Walker 1985)
Usnea andina Motyka (Motyka 1936)
Usnea angulata (Ach.) (Herzog 1922, 1923; Motyka 1936; Truong et al. 2013) 
Usnea aranea Truong & P. Clerc (Truong & Clerc 2016)
Usnea baileyi (Stirt.) Zahlbr. (Motyka 1936; Truong & Clerc 2013)
Usnea bornmuelleri Steiner (Feuerer et al. 1998)
Usnea brasiliensis (Zahlbr.) Motyka (Motyka 1936; Herrera-Campos et al. 2001)
Usnea ceratina Ach. (Nylander 1861; Truong & Clerc 2012)
Usnea cladoblephara (Müll.Agr.) Motyka (Motyka 1936)
Usnea concinna Stirt. (Motyka 1936) 
Usnea cornuta Körb. (Motyka 1936)
Usnea crenulata Truong & P.Clerc (Truong et al. 2013)
Usnea cristatula Motyka (Truong & Clerc 2012)
Usnea crocata Truong & P.Clerc (Truong et al. 2011)
Usnea deformis Motyka (Truong et al. 2013)
Usnea durietzii Motyka (Motyka 1936; Walker 1985; Truong et al. 2011)
Usnea entoviolata Motyka (Truong & Clerc 2012)
Usnea erinacea Vain. (Motyka 1936; Truong et al. 2011) 
Usnea flaveola Motyka (Truong & Clerc 2013)
Usnea flavocardia Räsänen (Truong et al. 2011)
Usnea fruticans Motyka (Motyka 1936)
Usnea geissleriana P.Clerc (Truong et al. 2013)
Usnea goniodes Stirt. (Herzog 1922)
Usnea inanis Motyka (Motyka1936; Herre 1960)
Usnea jamaicensis Ach. (Nylander 1859; Motyka 1936; Herre 1960; Herrera-Campos et al. 2001)
Usnea mexicana Vain. (Truong et al. 2013)
Usnea michauxii I.I.Tav. (Truong et al. 2011) 
Usnea moreliana Motyka (Truong & Clerc 2016)
Usnea papillata Motyka (Truong et al. 2013)
Usnea patagonica Walker (Walker 1985)
Usnea perhispidella J.Steiner (Truong et al. 2013
Usnea perplectata Motyka (Truong & Clerc 2013)
Usnea plicata (L.) F.H.Wigg (Herzog 1922)
Usnea regia Motyka (Truong et al. 2013)
Usnea rubicunda Stirt. (Feuerer et al. 1998; Truong et al. 2011) 
Usnea rubricornuta Truong & P.Clerc (Truong et al. 2011)
Usnea sphacelata R.Br. (Nylander 1861; Herzog 1922; Lamb 1938)
Usnea steineri Zahlbr. (Herzog 1922, 1923; Motyka 1936; Truong et al. 2011) 
Usnea subaranea Truong & P. Clerc (Truong & Clerc 2016)
Usnea subcornuta Stirt. (Truong et al. 2011) 
Usnea subdasaea Truong & P.Clerc (Truong et al. 2011)
Usnea subflammea P.Clerc (Truong et al. 2013) 
Usnea subglabrata Truong & P. Clerc (Truong & Clerc 2016)
Usnea subgracilis Vain. (Truong et al. 2013)
Usnea subscabrosa Nyl. ex Motyka (Feuerer et al. 1998; Truong et al. 2013) 
Verrucaria muralis Ach. (Feuerer et al. 1998) 
Varicellaria velata (Turner) Schmitt & Lumbsch (Flakus & Kukwa 2012; Flakus et al. 2013; as Pertusaria velata) 
Xanthomendoza mendozae (Räsänen) S.Kondr. & Kärnefelt (Kondratyuk & Kärnefelt 1997; Canseco et al. 2006; Flakus et al. 2012d, 2015)
Xanthoparmelia callifolioides Adler, Elix & Johnston (Nash et al. 1995; Feuerer & Sipman 2005; Flakus et al. 2013)
Xanthoparmelia conspersa (Ehrh. ex Ach.) Hale (Nylander 1861; Feuerer 2010; Flakus et al. 2013)
Xanthoparmelia cordillerana (Gyeln.) Hale (Flakus et al. 2013)
Xanthoparmelia ferraroiana T.H.Nash, Elix & Johnston (Nash et al. 1995; Flakus et al. 2013)
Xanthoparmelia hypopsila (Müll. Arg.) Hale (Flakus et al. 2013)
Xanthoparmelia lineola (E. C. Berry) Hale (Flakus et al. 2013)
Xanthoparmelia mexicana (Gyeln.) Hale (Feuerer et al. 1998)
Xanthoparmelia microspora (Müll.Arg.) Hale (Hale 1990; Nash et al. 1995; Flakus et al. 2013)
Xanthoparmelia mougeotii (Schaer.) Hale (Nylander 1861; Nash et al. 1995; Flakus et al. 2012d, 2014)
Xanthoparmelia neotaractica Hale (Flakus et al. 2013)
Xanthoparmelia plittii (Gyeln.) Hale (Flakus et al. 2013)
Xanthoparmelia sipmanii T. H. Nash & Elix (Flakus et al. 2013)
Xanthoparmelia standaertii (Gyeln.) Hale (Nash et al. 1995)
Xanthoparmelia subsorediata Hale (Flakus et al. 2013) 
Xanthoparmelia substenophylloides Hale (Flakus et al. 2016)
Xanthoparmelia subtaractica T.H.Nash & Elix (Feuerer & Sipman 2005)
Xanthoparmelia subulcerosa T. H. Nash & Elix (Flakus et al. 2013)
Xanthoparmelia taractica (Kremp.) Hale (Hale 1990; Nash et al. 1995; Feuerer et al. 1998; Flakus et al. 2011b, 2014)
Xanthoparmelia tegeta Elix & J.Johnst. (Feuerer & Sipman 2005)
Xanthoparmelia ulcerosa (Zahlbr.) Hale (Hale 1990; Nash et al. 1995; Flakus et al. 2014)
Xanthoparmelia wrightiana T.H.Nash, Elix & Johnston (Nash et al. 1995; Feuerer et al. 1998)
Xanthoparmelia xanthomelaena (Müll. Arg.) Hale (Flakus et al. 2013)
Xanthoria parietina (L.) Th.Fr. (Canseco et al. 2006)
Yoshimuriella corrosa (Ach.) B. Moncada & Lücking (Yoshimura 1998)
Yoshimuriella dissecta (Sw.) B. Moncada & Lücking (Nylander 1859; Kukwa et al. 2014)
Yoshimuriella fendleri (Tuck. & Mont.) B. Moncada & Lücking (Flakus 2008; Kukwa et al. 2014) 
Yoshimuriella peltigera auct (Kukwa et al. 2014; Flakus et al. 2016)
Yoshimuriella subdissecta (Nyl.) B. Moncada & Lücking (Nylander 1859, 1860; Moncada et al. 2013; Kukwa et al. 2014)